Химия кузнецова 8: ГДЗ Химия 8 класс Кузнецова, Титова, Гара

Содержание

Линия УМК Н. Е. Кузнецовой. Химия (8-9) – издательство Дрофа – Вентана-граф

Отличительной особенностью линии УМК является дифференциация учебного материала по уровням сложности и использование соответствующего разделения предлагаемых заданий. Систематизировать знания школьникам помогут планы-характеристики химических объектов, алгоритмы и образцы последовательности действий, необходимых для решения задач. Система дифференцированных заданий в конце каждого параграфа направлена на организацию самостоятельной работы и самопроверки учащихся, а также на подготовку к ОГЭ по химии. В задачниках содержатся как типовые задачи, так и творческие задания и задания повышенного уровня сложности. В методические пособия, помимо планирования курса, вошли рекомендации по осуществлению проектной деятельности.

За основу создания учебников взята гуманистическая парадигма развивающего обучения, а также авторская концепция учебников.

Особенностями УМК является дифференциация учебного материала, обеспеченная уровневым построением учебников и заданиями различной степени сложности.

Ведущая роль отведена системно-деятельностному подходу на основе проблемного обучения.

В текст параграфов включены планы-характеристики химических объектов, алгоритмы и образцы выполнения действий и решения задач. Для организации самостоятельной работы и самопроверки в конце каждого параграфа дана система дифференцированных заданий, помогающих ученикам подготовиться к ОГЭ по химии.

Рабочая тетрадь содержит разные по форме и уровню сложности задания, расположенные в соответствии с темами в учебнике.

В методические пособия включено планирование курса, методические рекомендации к темам и урокам, а также материалы, необходимые для организации учебно-исследовательской и проектной деятельности.

Задачники включают типовые расчетные задачи, творческие задания и задания повышенного уровня сложности.

Кузнецова. Химия 8 класс. Методика. ФГОС (Вентана-Граф)

Переплет мягкий
ISBN 978-5-36-004526-7
Количество томов 1
Формат 60×90/16 (145×215мм)
Количество страниц 128
Год издания 2014
Соответствие ФГОС ФГОС
Серия Алгоритм успеха. Синтез
Издательство Вентана-Граф
Автор
Возрастная категория 8 кл.
Раздел Химия
Тип издания Методика
Язык русский

Описание к товару: «Кузнецова.

Химия. 8 класс. Методика. ФГОС»

Методическое пособие предназначено для учителей химии общеобразовательных учреждений, работающих по учебнику «Химия. 8 класс» (авторы Н.Е. Кузнецова, И.М. Титова, Н.Н. Гара), входящему в систему «Алгоритм успеха». В пособии даны рекомендации по проведению уроков химии в основной школе в соответствии с программой по химии для 8-9 классов.

Раздел: Химия

Издательство: ВЕНТАНА-ГРАФ
Серия: Алгоритм успеха. Синтез

Вы можете получить более полную информацию о товаре «Кузнецова. Химия 8 класс. Методика. ФГОС (Вентана-Граф)«, относящуюся к серии: Алгоритм успеха. Синтез, издательства Вентана-Граф, ISBN: 978-5-36-004526-7, автора/авторов: Гара Н.Н., Ахметов М.А., если напишите нам в форме обратной связи.

ГДЗ по Химии за 8 класс Задачник Н.Е. Кузнецова, А.Н. Левкин

Химия 8 класс Н.Е. Кузнецова задачник

Авторы: Н. Е. Кузнецова, А.Н. Левкин

«ГДЗ по химии за 8 класс, Задачник, Кузнецова, Левкин (Вентана-граф)» могут использовать учащиеся с различным уровнем подготовки. Каждый школьник найдет в решебнике много полезного, и ценного для себя. Так как информация в готовых домашних заданиях изложена простым и понятным языком, то в ней сумеют разобраться даже те подростки, которым изучение этой дисциплины дается крайне тяжело.

Химия в 8 классе

На восьмой ступени обучения в школе ученикам придется поближе познакомиться, и детально разобрать следующие разделы учебника:

  1. Методы разделения и очистки веществ.
  2. Электронная оболочка атома.
  3. Закон Авогадро. Состав молекул.
  4. Составление формул веществ по валентности элементов.
  5. Применение кислорода.
  6. Оксид и гидроксид кальция.

На протяжении всего учебного года восьмиклассникам предстоит написать немало контрольных, лабораторных и практических работ.

Чтобы тщательно подготовиться к таким испытаниям, нужно хотя бы время от времени заглядывать в сборник верных ответов и решенных номеров, чтобы внимательно изучить алгоритмы задач, которые могут попасться в тестах.

Учиться с ГДЗ по химии за 8 класс, Задачник, Кузнецова просто

Благодаря ценным материалам, представленным в решебнике, можно легко и просто подготовиться к лабораторной, практической, контрольному опросу в классе, важному итоговому тесту, олимпиаде и предметному конкурсу. Ученикам больше нет необходимости записываться на дополнительные курсы или окружать себя многочисленными справочниками, чтобы решить какое-то одно сложное задание. Теперь ответы на вопросы в рамках программы они будут знать. И все это, благодаря данному учебно-вспомогательному комплексу, разработанному лучшими педагогами страны с целью облегчения образовательного процесса.

Лучшие онлайн-шпаргалки

Использовать материалы «ГДЗ по химии за 8 класс, Задачник, Кузнецова Н. Е., Левкин А. Н. (Вентана-граф)» разрешается даже на уроках, но только делать это нужно с умом, а не просто переписывать результаты в чистовик, надеясь получить хорошую отметку. Заглядывать на страницы сборника верных ответов подросток может, если ему непонятны объяснения учителя, или он желает разобраться в условии задания. Но только не следует злоупотреблять шпаргалками, и использовать их во время написания проверочной или лабораторной. Через эти испытания подросток должен сам пройти, чтобы выявить и подтянуть все свои слабые места.

Химия Кузнецовой Н.Е., Титовой И.М., Гары Н.Н. для 8-9 классов

Химия Кузнецовой Н.Е., Титовой И.М., Гары Н.Н. для 8-9 классов

Учебно-методический комплект (УМК) «Химия» (авторы: Кузнецова Н.Е., Титова И.М., Гара Н.Н. и др.) предназначен для 8-11 классов общеобразовательных учреждений. Учебники курса входят в систему учебно-методических комплектов «Алгоритм успеха».  УМК выпускает издательство «ВЕНТАНА-ГРАФ».

Учебники включены в федеральный перечень учебников, рекомендуемых к использованию при реализации имеющих государственную аккредитацию образовательных программ начального общего, основного общего, среднего общего образования (приказ Минобрнауки России от 31 марта 2014г. N 253). Содержание учебников соответствует федеральному государственному образовательному стандарту основного общего образования (ФГОС ООО 2010 г.).

Состав УМК «Химия» для 8 и 9 классов:
— Учебник. 8, 9 классы. Авторы: Кузнецова Н.Е., Титова И.М., Гара Н.Н.
— Рабочая тетрадь. 8, 9 классы. Авторы: Гара Н.Н., Ахметов М.А.
— Тетрадь для практических работ. 8, 9 классы. Авторы: Гара Н.Н., Зуева М.В.
— Задачник по химии. 8, 9 классы. Авторы: Кузнецова Н.Е., Левкин А.Н.
— Методическое пособие. 8, 9 классы. Авторы: Ахметов М.А., Гара Н.Н.
— Программы в комплекте с CD.  8-11 классы. Авторы: Кузнецова Н.Е., Гара Н.Н.

Учебники предназначены для учащихся общеобразовательных учреждений всех видов. Учебники построены на классической последовательности изучения химии. Информация, способствующая расширению знаний, отмечена знаками (*) и выделена шрифтом, отличным от основного. Учебники включает лабораторные опыты, практические работы, творческие задания, темы проектной деятельности, задачи расчетного и экспериментального характера, проблемные вопросы. Все задания дифференцированы по степени сложности.

Рабочие тетради содержат разнообразные по форме и по уровню сложности задания, расположенные в соответствии с темами, отраженными в учебнике. В пособии для 9 класса также приводятся задания, которые способствуют подготовке выпускников основной школы к ГИА по химии.

Тетради для практических работ предлагаются для организации самостоятельных работ, связанных с проведением химического эксперимента. Тематика заданий соответствует содержанию учебников.

Задачники включают как типовые расчётные задачи, так и нестандартные задачи повышенной сложности; задания и упражнения, развивающие учебные умения, творческие и аналитические способности учащихся. Задачи сгруппированы по темам, изучаемым в основной школе, в порядке возрастания их сложности: от простых расчётных до поисковых олимпиадных. В начале большинства разделов помещен перечень основных понятий. Алгоритмы решения типовых задач и примеры решения комбинированных задач приводятся в конце пособия. Разнообразие задач позволит учителю использовать их в классе дифференцированно, а учащимся организовать свою деятельность и самооценку.

Методические пособия предназначены для учителей химии общеобразовательных учреждений. В пособиях даны рекомендации по проведению уроков химии  в основной школе в соответствии с программой по химии для 8-9 классов.

Пособие для учителя «Химия.  Программы» содержит программы по химии для 8-11 классов общеобразовательных учреждений. Программа для 8-9 классов содержит тематическое планирование, рассчитанное на 70 ч (2 ч в неделю). Материал, выделенный курсивом позволяет учителю планировать изучение предмета при условии выделения дополнительного часа (3 ч в неделю). Программа для 10-11 классов содержит тематическое планирования для базового и для профильного уровня образования. К программам прилагается СD, содержащий тематическое планирование для 8-11 классов.

По материалам сайта: www.vgf.ru


Если материал вам понравился, нажмите кнопку вашей социальной сети:
 

▶▷▶▷ гдз по химии 8 кузнецова учебник

▶▷▶▷ гдз по химии 8 кузнецова учебник
ИнтерфейсРусский/Английский
Тип лицензияFree
Кол-во просмотров257
Кол-во загрузок132 раз
Обновление:02-10-2019

гдз по химии 8 кузнецова учебник — ГДЗ по Химии за 8 класс Кузнецова — решебник с ответами онлайн shkololonetgdz-himiya 8 -klass-kuznecova Cached ГДЗ по Химии за 8 класс Кузнецова — новый онлайн решебник с ответами и решениями к учебнику по химии автора Кузнецова НЕ по ФГОС — 0 упражнений с ответами бесплатно Решебник по химии Кузнецова 8 класс reshakrureshebnikiximiya 8 kuznecovaindexhtml Cached Хорошим помощником может выступать сборник ГДЗ Кузнецова 8 класс, где все ответы были обновлены и проверены и выложены на сайт, разложив всё по разделам и параграфам Гдз По Химии 8 Кузнецова Учебник — Image Results More Гдз По Химии 8 Кузнецова Учебник images ГДЗ по Химии 8 класс: Габриелян Решебник учебника gdzputinainforeshebniki 8 -klasshimiyagabriel Cached Решебник по химии 8 класс Габриелян ОС 2013-2019г Задачи и уравнения реакции в курсе химии непростые практические задания, которые с первого раза могут выполнить далеко не все школьники Учебник Химия 8 класс НЕ Кузнецова, ИМ Титова, НН Гара vklassework 8 -klassuchebnikihimiyane Cached Полный и качественный учебник Химия 8 класс НЕ Кузнецова , ИМ Титова, НН Гара 2012 скачать ГДЗ по Химии за 8 класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН megareshebarugdzhimiya 8 -klasskuznecova Cached ГДЗ по химии 8 класс Кузнецова НЕ авторы: Кузнецова НЕ , Титова ИМ , Гара НН Хотя химия и относится к более сложным школьным предметам, но тем не менее она является и интереснейшей наукой Учебник по химии 8 класс скачать бесплатно 11klasovruchemistry 8 klash Cached Благодаря научному прогрессу человечество добилось небывалых высот Немаловажную роль в столь значительном достижении сыграла данная дисциплина, поэтому так важно изучение этой науки со школьной скамьи Гдз по Химии за 8 класс, авторы Кузнецова НЕ, Титова ИМ gdzotputinaclub 8 -klasshimiyakuznecova-titova Cached Подробные гдз и решебник по Химии для 8 класса , авторы учебника: Кузнецова НЕ, Титова ИМ Решебник (ГДЗ) по химии 8 класс ОС Габриелян megareshebarupublreshebnikkhimija 8 _klass Cached Решебник и гдз по химии за 8 класс, автор ОС Габриелян, издательство Дрофа на 2016 учебный год ГДЗ Решебник по Химии за 8 класс Кузнецова Титова Гара ответы gdz-reshebnik-otvetycom12651265html Cached ГДЗ Решебник по Химии за 8 класс Кузнецова Титова Гара ответы Спиши подробные решения сложных заданий к учебнику или школьной рабочей тетради (пособию, книге) за 2017, 2018, 2019 года ГДЗ по Химии за 8 класс: Рудзитис ГЕ Решебник gdzruclass- 8 himiyarudzitis-feldman-1999 Cached Пособие Решебник по Химии 8 класс авторов Фельдман ФГ и Рудзитис ГЕ содержит в себе решенные домашние упражнения, проверочные и итоговые контрольные работы, а также краткие Promotional Results For You Free Download Mozilla Firefox Web Browser wwwmozillaorg Download Firefox — the faster, smarter, easier way to browse the web and all of 1 2 3 4 5 Next 27,300

  • Попель П. П. Химия: учебник для 8 класса общеобразовательных учебных заведений ОНЛАЙН. Химия учебник
  • и кузнецова по химии читать. Гдз по органической химии 11 класс новошинский. Химия 8 класс: учебники, дидактический материал, задачники, контрольные и проверочные работы, рабочие тетради, сборники за
  • и, дидактический материал, задачники, контрольные и проверочные работы, рабочие тетради, сборники задач, сборники упражнений, тесты. Учебник по химии 8 класс у нас на сайте. ГДЗ 8 класс Химия сборник задач Кузнецова. Восьмикласснику по неорганической химии предстоит изучать периодическую систему Менделеева и решать немало задач. Подробные гдз и решебник по Химии для 8 класса, авторы учебника: Н.Е. Кузнецова, А.Н. Лёвкин на 2016-2017 год. ГДЗ Решебник Химия 8 класс. Решебник по химии сборник задач кузнецова авторы н е кузнецова а н лёвкин издательство вентана граф. Скачать бесплатно Химия 8 класс. Кузнецова Н.Е., Титова И.М., Гара Н.Н. Учебник входит в систему Алгоритм успеха, предназначен для обучения химии. ZUBRILA.NET Химия 8 класс Химия 8 класс. В основном тексте учебника представлены лабораторные опыты и практические работы. Подробный перечень гдз по химии для 8 класса Кузнецовой Н.Е. хранит необходимую информацию, которая поможет основательно разобрать все важные моменты, провести правильный ход работ и получить выверенные ответы на все вопросы. К учебнику Рудзитис. Каждая тема занимает всего несколько уроков, к тому же ученикам необходимы опорные знания по смежным предметам биологии, физике, математике поэтому не удивительно, что часто требуется помощь в решении заданий по химии. Гдз химия 8 класс тетрадь. Учебник предназначен для обучения химии в общеобразовательных учреждениях в соответствии с базисным планом (2 часа в неделю), а также при условии выделения на изучение предмета дополнительного часа (3 часа в неделю). Быстрый переход: Химия Дополнительная литература. Состав УМК Химия для 8 класса. Авторы: Кузнецова Н.Е., Титова И.М., Гара Н.Н. и др.

авторы учебника: Н.Е. Кузнецова

авторы учебника: Н.Е. Кузнецова

  • автор ОС Габриелян
  • Гара НН megareshebarugdzhimiya 8 -klasskuznecova Cached ГДЗ по химии 8 класс Кузнецова НЕ авторы: Кузнецова НЕ
  • Титова ИМ Решебник (ГДЗ) по химии 8 класс ОС Габриелян megareshebarupublreshebnikkhimija 8 _klass Cached Решебник и гдз по химии за 8 класс

Нажмите здесь , если переадресация не будет выполнена в течение нескольких секунд гдз по химии кузнецова учебник Поиск в Все Картинки Ещё Видео Новости Покупки Карты Книги Все продукты ГДЗ учебник химия класс Кузнецова НЕ gdz Подробный решебник ГДЗ по Химии для класса , Авторы учебника Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН ГДЗ по химии для класса Кузнецова НЕ https gdz putinaru kuznecova авторы Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН Учебник по химии Кузнецова , Титова, Гара предназначен для ГДЗ по химии за класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ https gdz ru reshebnikkuznecova ГДЗ Спиши готовые домашние задания по химии за класс, решебник Кузнецова НЕ, ФГОС, онлайн ответы на Решебник по Химии за класс Кузнецова НЕ Гитем Данное пособие содержит решебник ГДЗ по Химии за класс Автора Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН ГДЗ по химии класс Кузнецова , Титова, Гара, Параграфы klass Решебник по химии за класс хорошо подходит для проверки домашних заданий В состав учебника включены работы по проведению химических экспериментов и опытов Ответы на ГДЗ по химии класс задачник Кузнецова , Лёвкин eurokiorg gdz Решебник по химии за класс авторы Кузнецова , Лёвкин издательство ВентанаГраф ГДЗ по Химии за класс Кузнецова НЕ Мегарешеба gdz Убедись в правильности решения задачи вместе с ГДЗ по Химии за класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара ГДЗ, Решебник Химия класс Кузнецова НЕ г Все gdz info gdz reshebnik окт Готовые Домашние Задания по Химии класс Кузнецова Авторы учебника Кузнецова НЕ ГДЗ по Химии класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН https гдз рус classkuznecovatitov ГДЗ рус поможет Вам справиться с самым непростым и непонятным заданием по Химии класса Кузнецова НЕ, Решебник гдз по Химии для класса Кузнецова НЕ gdz kuznecova Онлайн решебник по Химии для класса Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН, гдз и ответы к домашнему ГДЗ по химии для класса Кузнецова НЕ, Титова ИМ gdz kuznecova Качественные решения и подробные гдз по химии для учеников класса , авторы учебника Кузнецова НЕ, Решебники ГДЗ по химии класс Reshakru Онлайн решебники ГДЗ авторов Габриелян, Кузнецова , Рудзитис по химии класс бесплатно c пояснениями ГДЗ по химии класс упражнение Кузнецова НЕ, Титова dzokru gdz bookunit гдз по химии класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН учебник упр ГДЗ Химия класс Кузнецова ГДЗ по химии класс упражнение Кузнецова НЕ, Титова dzokru gdz bookunit гдз по химии класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН учебник упр ГДЗ Химия класс Кузнецова Гдз по Химии за класс , авторы Кузнецова НЕ, Титова И https gdz ometrcom gdz kuznecov Готовые ответы помогут Вам сверить задание по Химии за класс, от автора Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара ГДЗ Химия класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ https gdz putinaorg kuznecova Новые и подробные решебники и гдз по химии за класс ФГОС Авторы Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН ГДЗ Химия за класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ онлайн https gdz otputinanet kuznecova Учебник ГДЗ поможет вам решить задание по Химии для класса от авторов издания Кузнецова НЕ, Титова Гдз по Химии за класс, авторы Кузнецова НЕ, Титова ИМ gdz Мегаботан подробные гдз по Химии для класса, авторов Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН Где найти решебник по химии Кузнецова НЕ ни где не могу найти ни посмотрите здесь ГДЗ по химии Химия класс Кузнецова Н Е , Титова И М , Гара Н Н и др ГДЗ Химия за класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ Eurokiapp gdz kuznecovatitov Приветствуем на образовательном портале Еуроки Здесь вы найдете ГДЗ с подробным и полным решением Химия , класс, Кузнецова НЕ, Титова ИМ Nasholcom klass апр Учебник входит в систему Алгоритм успеха, Учебники , ГДЗ , решебники, ЕГЭ, ГИА, экзамены, книги Книги и Химия , класс, Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН, Купить задачник по химии класс , авт Кузнецова НЕ Описание, отзывы, лучшие цены на учебное пособие химия класс задачник на сайте Корпорации Российский Решебник По Химии Класс Кузнецова briefvancouver Готовые Домашние Задания по Химии класс Кузнецова НЕ Класс класс Авторы учебника Кузнецова НЕ Химия класс Кузнецова Онлайн учебник vippvippbegettech Химия _ Химия класс учебник для учащихся общеобразовательных учреждений НЕ Кузнецова , ИМ Титова, НН химия кузнецова класс гдз Блог им vixdaget JJCRU wwwjjcruhimiyakuznecova klass химия кузнецова класс гдз ГДЗ по химии за класс решение задач из учебника Химия ГДЗ по химии за Решебник по Химии за класс Кузнецова НЕ Спиши нет kuznecovatitova Подробный решебник гдз по Химии для класса , авторы учебника Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН на Картинки по запросу гдз по химии кузнецова учебник Книга Химия класс Задачник ФГОС Кузнецова , Левкин labirintrubooks Иллюстрации к книге Кузнецова , Левкин Химия класс Задачник Учебник ФГОС обложка книги Химия Химия Кузнецова НЕ класс InternetUrok himiya kl Видеоуроки, тесты и тренажёры по предмету Химия за класс по учебнику Кузнецова НЕ PDF Гдз по химии за класс кузнецова н е WordPresscom учебники по Химии за класс Скачать бесплатно учебники в Кузнецова НЕ Кузнецова НЕ Титова ИМ Гара ГДЗ , Ответы по Химии класс Кузнецова НЕ г Более ГДЗ atelierchocolatruphp апр Спиши сейчас онлайн! Самая большая коллекция ГДЗ по химии класс Учебник Химия класс PDF pdf Задачник класс Лёвкин АН Размер chemistryonlineruЗАДАЧНИКpdf Учебное издание Кузнецова Нинель Евгеньевна Лёвкин Антон Николаевич Задачник по химии класс PDF задачник по химии класс кузнецова ответы WordPresscom ГДЗ для учебника по английскому языку Enjoy English для класса Биболетова М ГДЗ для Сборник задач и Сборник задач по химии класс Кузнецова ГДЗ на Отлично gdz online gdz poximiiz ГДЗ по Химии за класс Сборник задач по химии класс Кузнецова В сборник по химии включен различный материал, соответствующий тематикам учебника тех же авторов В книге Учебник Химия класс Кузнецова Титова Гара читать Учебник Химия класс Кузнецова Титова Гара читай бесплатно электронную версию, листая онлайн страницы Химия класс учебники , ГДЗ , учебные пособия, справочная xunicombookss Учебники и учебные пособия Химия , класс, Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН, Химия , класс PDF гдз по учебнику химии класс кузнецова liveinternetru Авторы учебника Кузнецова Н Авторы учебника Габриелян О Н можно найти здесь ГДЗ к рабочей тетради по химии за класс Гара Н Год издания г ГДЗ по Химии за класс с готовыми онлайн ответами https gdz funreshebnikpo klass издательство Дрофа тип Решебник Химия класс Кузнецова НЕ авторы Кузнецова НЕ Титова ИМ Гдз по химии класс кузнецова онлайн бесплатно и без pinterestru Гдз по химии класс кузнецова онлайн бесплатно и без скачивание Учебник по химии класс скачать бесплатно Химия класс Оржековский ПА, Мещерякова ЛМ Химия класс Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Цивилизация, гдз по задачник по химии класс кузнецова logoteamsulibgphp?g gdz po В строю японские установлений живет задача, на котором школьники дрессируются почитать натуру и нравиться ГДЗ , все решебники по Химии за класс Все Ответы на gdz su gdz vsereshebnikipo Готовые Домашние Задания класс, Химия Решебники и Ответы ко всем домашним заданиям, для всех Задачник по химии класс ФГОС Кузнецова НЕ Купить Купить книгу Задачник по химии класс ФГОС Кузнецова НЕ в Интернетмагазине Myshopru Низкая цена Химия Количество вещества Моль Молярная масса авг Химия Количество вещества Моль Молярная масса Образование Обучение Znaika TV myoutubecom Гдз по химии класс, номер а кузнецова , лёвкин, ноя Гдз по химии класс, номер а кузнецова , лёвкин, Здравствуйте! Химия! И прочие myoutubecom ГДЗ ЛОЛ за класс по Химии Кузнецова НЕ, Титова ИМ https gdz lolhimiya kuznecovatito Выполнения задания за класс по Химии Кузнецова НЕ, Титова ИМ, Гара НН , от издательства ГДЗ , Ответы по Химии класс Габриелян Все https gdz naru gdz otvetypoximii фев Готовые Домашние Задания, Решебник по Химии класс У нас все ГДЗ, Решебники классы класса, содержащие решения любого упражнения из учебника ГДЗ, Ответы по Химии класс Кузнецова Химия класс кузнецова гдз РНТАРУ rntaruhimiya klasskuznetsova gdz Гдз класс по химии кузнецова vk; Готовые домашние задания Гдз Гдз по химии Гдз по химии учебника химия ГДЗ по обществознанию для класса Боголюбов ответы https gdz lifeklassbogolyubov Рейтинг , голоса Ответы на пятерку с ГДЗ к учебнику по обществознанию класса, под редакцией Боголюбова Л Н Информация в Гдз по химии класс кузнецова hotisu Sheet music, Advertising pinterestcom Гдз по английскому языку для учебника kaufman класс Millenium, Контрольная работа по химии Algebra Запросы, похожие на гдз по химии кузнецова учебник гдз по химии класс кузнецова титова гара гдз по химии класс кузнецова рабочая тетрадь гдз по химии класс кузнецова задачник гдз по химии класс гара учебник гдз по химии класс кузнецова гдз по химии класс кузнецова задачник контрольная работа гдз по химии класс красный задачник гдз по химии класс задачник кузнецова титова гара След Войти Версия Поиска Мобильная Полная Конфиденциальность Условия Настройки Отзыв Справка

Попель П. П. Химия: учебник для 8 класса общеобразовательных учебных заведений ОНЛАЙН. Химия учебники кузнецова по химии читать. Гдз по органической химии 11 класс новошинский. Химия 8 класс: учебники, дидактический материал, задачники, контрольные и проверочные работы, рабочие тетради, сборники задач, сборники упражнений, тесты. Учебник по химии 8 класс у нас на сайте. ГДЗ 8 класс Химия сборник задач Кузнецова. Восьмикласснику по неорганической химии предстоит изучать периодическую систему Менделеева и решать немало задач. Подробные гдз и решебник по Химии для 8 класса, авторы учебника: Н.Е. Кузнецова, А.Н. Лёвкин на 2016-2017 год. ГДЗ Решебник Химия 8 класс. Решебник по химии сборник задач кузнецова авторы н е кузнецова а н лёвкин издательство вентана граф. Скачать бесплатно Химия 8 класс. Кузнецова Н.Е., Титова И.М., Гара Н.Н. Учебник входит в систему Алгоритм успеха, предназначен для обучения химии. ZUBRILA.NET Химия 8 класс Химия 8 класс. В основном тексте учебника представлены лабораторные опыты и практические работы. Подробный перечень гдз по химии для 8 класса Кузнецовой Н.Е. хранит необходимую информацию, которая поможет основательно разобрать все важные моменты, провести правильный ход работ и получить выверенные ответы на все вопросы. К учебнику Рудзитис. Каждая тема занимает всего несколько уроков, к тому же ученикам необходимы опорные знания по смежным предметам биологии, физике, математике поэтому не удивительно, что часто требуется помощь в решении заданий по химии. Гдз химия 8 класс тетрадь. Учебник предназначен для обучения химии в общеобразовательных учреждениях в соответствии с базисным планом (2 часа в неделю), а также при условии выделения на изучение предмета дополнительного часа (3 часа в неделю). Быстрый переход: Химия Дополнительная литература. Состав УМК Химия для 8 класса. Авторы: Кузнецова Н.Е., Титова И.М., Гара Н.Н. и др.

Рабочая программа по химии для 8 класса автор учебника Н.Е. Кузнецова

Филиал муниципального общеобразовательного бюджетного учреждения средняя общеобразовательная

школа с. Благовар муниципального района Благоварский район Республики Башкортостан

основная общеобразовательная школа д.Сарайлы

РАССМОТРЕНО

на заседании методического совета

Протокол №____ от _____._____.2016 г.

УТВЕРЖДАЮ

Директор МОБУ СОШ с.Благовар

_______________В.К.Вильдангиров

Приказ №______ от ______2016 г.

СОГЛАСОВАНО

заместитель директора по УВР

_____________ Гумеров Р.Р.

«____»_______________ 2016 г

РАБОЧАЯ ПРОГРАММА

по предмету

«Химия»

для 8 класса

на 2016-2017 учебный год

учителя химии

Насыровой Галии Гелемхатовны

(первая квалификационная категория)

д.Сарайлы 2016 г.

Пояснительная записка.

Рабочая программа по химии разработано на основе: 

Федеральный компонент государственного стандарта общего образования по химии.

Авторской программы по курсу «Химия» для 8-9 классов общеобразовательных учреждений автор Н.Е. Кузнецова, И.М. Титова, Н.Н. Гара, М: Вентана-Графа, 2013г .

Содержание программы направлено на освоение учащимися знаний, умений и навыков на базовом уровне. Она включает в себя все темы, предусмотренные федеральным компонентом государственного образовательного стандарта основного общего образования по химии.

Программа рассчитана на 70 часов, по 2 часа в неделю. Контрольных работ четыре, практических работ пять.

Для реализации рабочей программы используется:

  • УМК « Химия»: 8 класс: учебник для учащихся общеобразовательных учреждений, Н.Е. Кузнецова, И.М. Титова, Н.Н. Гара; по редакцией проф. Н.Е. Кузнецовой- 4-е изд., перераб.- М: Вентана-Графа, 2010.

  • Книга для учителя к УМК «Химия», Н.Е. Кузнецова, И.М. Титова, Н.Н. Гара; по редакцией проф. Н.Е. Кузнецовой- 4-е изд., перераб.- М: Вентана-Графа, 2010

  1. Уровень обучения – базовый.

В данном классе ведущими методами обучения являются: объяснительно- иллюстративный, репродуктивный.

Планируемые результаты изучения предмета «Химия» в 8 классе

В результате изучения химии ученик должен

знать/понимать:

-химическую символику: знаки химических элементов, формулы химических веществ и уравнения химических реакций;

-важнейшие химические понятия: химический элемент, атом, молекула, относительные атомная и молекулярная массы, ион, химическая связь, вещество, классификация веществ, моль, молярная масса, молярный объем, химическая реакция, классификация реакций, электролит и неэлектролит, электролитическая диссоциация, окислитель и восстановитель, окисление и восстановление;

-основные законы химии: сохранения массы веществ, постоянства состава вещества, периодический закон;

уметь:

-называть химические элементы, соединения изученных классов;

-объяснять физический смысл атомного (порядкового) номера химического элемента, номеров группы и периода, к которым элемент принадлежит в периодической системе Д. И. Менделеева; закономерности изменения свойств элементов в пределах малых периодов и главных подгрупп; сущность реакций ионного обмена;

-характеризовать химические элементы (от водорода до кальция) на основе их положения в периодической системе Д. И. Менделеева и особенностей строения их атомов; связь между составом, строением и свойствами веществ; химические свойства основных классов неорганических веществ;

-определять состав веществ по их формулам, принадлежность веществ к определенному классу соединений, типы химических реакций, валентность и степень окисления элемента в соединениях, тип химической связи в соединениях, возможность протекания реакций ионного обмена;

-составлять формулы неорганических соединений изученных классов; схемы строения атомов первых 20 элементов периодической системы Д. И. Менделеева; уравнения химических реакций;

-обращаться с химической посудой и лабораторным оборудованием;

-распознавать опытным путем кислород, водород, углекислый газ, аммиак; растворы кислот и щелочей, хлорид-, сульфат-, карбонат-ионы;

-вычислять массовую долю химического элемента по формуле соединения; массовую долю вещества в растворе; количество вещества, объем или массу по количеству вещества, объему или массе реагентов или продуктов реакции;

использовать приобретенные знания и умения в практической деятельности и повседневной жизни:

-для безопасного обращения с веществами и материалами;

-экологически грамотного поведения в окружающей среде;

-оценки влияния химического загрязнения окружающей среды на организм человека;

-критической оценки информации о веществах, используемых в быту;

-приготовления растворов заданной концентрации.

Содержание учебного предмета «Химия» в 8 классе

Введение – 4 часа

Предмет химии. Основные понятия и теории химии.

Техника безопасности на уроках химии. Знакомство с химическим оборудованием.

Практическая работа 1. Правила обращения с химическим оборудованием

I. Химические элементы и вещества – 11 часов

Физические и химические явления. Атомы. Молекулы. Химические элементы.

Простые и сложные вещества. Состав веществ. Химические формулы. Атомно-молекулярное учение в химии. Относительная атомная и молекулярная массы.

Массовая доля элементов в веществах. Что показывают химический знак и химическая формула. Система химических элементов Д.И.Менделеева.Валентность химических элементов. Определение валентности по формулам соединений. Составление формул по валентности. Количество вещества. Моль. Молярная масса.

Лабораторный опыт

Описание физических свойств веществ.

II. Химические реакции – 7 часов

Сущность химических реакций и условия их протекания. Тепловой эффект реакции.

Законы сохранения массы и энергии. Химическое уравнение. Расчеты по химическим уравнениям. Типы химических реакций. Методы химии.

Лабораторные опыты

Признаки протекания химических реакций. Знакомство с химическими реакциями различных типов

III. Вещества в природе и технике – 6 часов

Чистые вещества и смеси. Растворы. Растворимость веществ. Способы выражения концентрации растворов.

Лабораторный опыт

Разделение смеси железных опилок и порошка серы

Практические работы

  1. Очистка загрязненных веществ.

  2. Изучение растворимости веществ.

  3. Приготовление раствора заданной концентрации.

IV. Понятие о газах. Воздух. Кислород. Горение. – 8 часов

Законы Гей-Люссака и Авогадро. Воздух-смесь газов. Относительная плотность газов.

Кислород. Получение кислорода. Катализаторы. Химические свойства и применение кислорода.

— молярный объем;

— состав молекулы кислорода;

V. Основные классы неорганических соединений – 11 часов

Оксиды. Основания. Кислоты. Соли. Классификация и генетическая связь неорганических веществ.

Лабораторные опыты

Химические свойства оксидов. Химические свойства кислот. Химические свойства щелочей. Химические свойства нерастворимых оснований. Амфотерность гидроксидов.

Химические свойства солей.

Практическая работа

  1. Изучение химических свойств веществ.

VI. Строение атома. Периодический закон Д.И.Менделеева –12 часов

Состав атомов. Изотопы. Состояние электронов в атоме. Периодичность в изменении свойств элементов. Периодический закон Д.И.Менделеева. Периодическая система в свете теории строения атома. Характеристика химического элемента и его свойств на основе положения в периодической системе и теории строения атома.

VII. Строение вещества. Химические реакции в свете электронной теории –10 часов

Химическая связь. Ковалентная связь. Полярные и неполярные связи. Ионная связь.

Степень окисления. Кристаллическое состояние вещества.

IX. Водород – 2 часа

Водород, его получение и свойства. Вода и ее свойства.

Практическая работа

  1. Получение водорода и изучение его свойств.

X. Галогены — 4 часа

Положение галогенов в периодической системе и строение их атомов. Галогены- простые вещества. Хлороводород и соляная кислота.

Практическая работа 6. Изучение свойств соляной кислоты.

Тематическое планирование с указанием количества часов, отводимых на освоение каждой темы по предмету «Химия» в 8 классе (2 часа в неделю)

п/п

Наименование раздела

Количество часов

1

Введение

4 часа

2

I. Химические элементы и вещества

11 часов

3

II. Химические реакции

7 часов

4

III. Вещества в природе и технике

6 часов

5

IV. Понятие о газах. Воздух. Кислород. Горение.

8 часов

6

V. Основные классы неорганических соединений

11 часов

7

VI. Строение атома. Периодический закон Д.И.Менделеева

12 часов

8

VII. Строение вещества. Химические реакции в свете электронной теории

10 часов

9

IX. Водород

2 часа

10

X. Галогены

4 часа

Приложение 1

к рабочей программе по предмету «Химия» 8 класс

на 2016-2017 учебный год

Календарно- тематическое планирование с указанием количества часов, отводимых на изучение каждой темы по предмету «Химия» в 8 классе (2 часа в неделю)

Раздел. Тема урока.

Плани-руемая дата прове-дения

Фактичес-

кая дата проведе-ния

Примечание

Введение.

1

Вводный инструктаж по ТБ и ПБ в кабинете химии. Предмет и задачи химии

06.09

2

Понятия и теории химии

07.09

3

Методы химии. Химический язык

13.09

4

Практическая работа №1. Приёмы обращения с лабораторным оборудованием

14.09

Химические элементы и вещества в свете атомно-молекулярного учения.

5

Понятие «вещество» в физике и химии. Физические и химические явления

20.09

6

Атомы, молекулы, химические элементы. Формы существования элементов в природе.

21.09

7

Состав веществ. Закон постоянства состава веществ

27.09

8

Атомно-молекулярное учение

28.09

9

Относительные атомная и молекулярная массы

04.10

10

Решение задач: расчёты по химическим формулам

05.10

11

Система химических элементов Д.И.Менделеева

12.10

12

Валентность химических элементов

18.10

13

Количество вещества. Моль. Молярная масса

19.10

14

Решение задач: расчёты по химическим формулам

25.10

15

Контрольная работа №1 по теме ««Химические элементы и вещества в свете атомно-молекулярного учения»»

26.10

Химические реакции.

Законы сохранения массы и энергии.

16

Сущность химических реакций и признаки их протекания. Тепловой эффект реакции

01.11

17

Закон сохранения массы веществ

08.11

18

Составление уравнений химических реакций

09.11

19

Решение задач: расчёты по химическим уравнениям

15.11

20

21

Типы химических реакций

16.11

22.11

22

Обобщение знаний по темам

« Химические элементы и вещества в свете атомно-молекулярного учения»

23.11

Вещества в окружающей нас природе

и технике.

23

Чистые вещества и смеси

29.11

24

Практическая работа №2. Очистка веществ

30.11

25

Растворы. Растворимость веществ

06.12

26

Способы выражения концентрации растворов

07.12

27

Решение задач на растворы

13.12

28

Практическая работа №3. Приготовление растворов заданной концентрации

14.12

Понятие о газах. Воздух.

Кислород. Горение.

29

Законы Гей-Люссака и Авогадро

20.12

30

Решение задач: расчёты на основании газовых законов

21.12

31

Контрольная работа №2 по теме

«Вещества в окружающей нас природе и в технике. Понятия о газах»

27.12

32

Воздух — смесь газов

28.12

33

Кислород – химический элемент и простое вещество

17.01

34

Практическая работа №4. Получение собирание и обнаружение кислорода

18.01

35

Химические свойства и применение кислорода

24.01

36

Обобщение знаний по темам « Вещества в окружающей нас природе и в технике. Понятия о газах»

25.01

Основные классы неорганических соединений.

37

Оксиды и их классификация. Понятие об амфотерности

31.01

38

Основания – гидроксиды основных оксидов

01.02

39

Кислоты

07.02

40

Соли: состав и номенклатура

08.02

41

Химические свойства оксидов

14.02

42

Получение и химические свойства оснований

15.02

43

Химические свойства кислот

21.02

44

Химические свойства солей

22.02

45

46

Обобщение знаний по теме

«Классификация и генетическая взаимосвязь классов неорганических соединений

28.02

01.03

47

Практическая работа № 5. Исследование свойств оксидов, оснований. Кислот

07.03

Строение атома.

48

Состав и важнейшие характеристики атома

14.03

49

Изотопы. Химический элемент

15.03

50

Состояние электронов в атоме. Строение электронных оболочек .

21.03

51

Контрольная работа № 3 « Основные классы неорганических соединений. Строение атома »

22.03

Периодический закон и периодическая система химических элементов Д.И. Менделеева.

52

Свойства химических элементов и их периодические изменения

04.04

53

Периодический закон и периодическая система химических элементов Д.И. Менделеева в свете теории строения атома

05.04

54

Характеристика химических элементов по положению в периодической системе

11.04

Строение вещества. Химические реакции в свете электронной теории.

55

Валентные состояния и химические связи атомов элементов

12.04

56

57

Ковалентная связь и её виды

18.04

19.04

58

Понятие об ионной связи

25.04

59

60

Степень окисления

26.04

02.05

61

Кристаллическое состояние вещества

03.05

62

63

Окислительно-восстановительные реакции

10.05

16.05

64

Обобщение знаний по пройденным темам

17.05

Водород, рождающий воду и энергию.

65

Водород — элемент и простое вещество

23.05

66

Химические свойства и применение водорода. Вода

24.05

Галогены – естественное семейство химических элементов.

67

Галогены – химические элементы и простые вещества

Физико-химические свойства галогенов

25.05

68

Хлороводород. Соляная кислота. Хлориды. Обобщение знаний курса 8 класса.

26.05

69

Итоговая контрольная работа по курсу 8 класса.

30.05

70

Итоговой урок по курсу 8 класса.

31.05

Приложение 2

к рабочей программе по предмету «Химия» 8 класс

на 2016-2017 учебный год

Контрольная работа № 1 по теме « Химические элементы и вещества в свете атомно-молекулярного учения» для 8 класса.

Вариант 1.

1.Приведите примеры физических явлений.

2. Найдите относительные атомные массы: кислорода, фтора, железа, кальция, водорода.

3.Вычислите относительную молярную массу: CaCO3

4. Вычислите валентность NO2, P2O5, NaCl, MgO

5.Рассчитайте массу 2 моль оксида углерода (ІV).

Вариант 2.

1.Приведите примеры химических явлений.

2. Найдите относительные атомные массы: серы, брома, алюминия, магния, калия .

3.Вычислите относительную молярную массу: MgSO4

4. Вычислите валентность NO3, h3S, KCl, CaO

5.Рассчитайте массу 4 моль оксида серы (ІV).

Контрольная работа № 2 по теме « Вещества в окружающей нас природе и в технике. Понятия о газах» для 8 класса.

Вариант 1.

1.Напишите символы: Кислород, кальций, фтор, натрий, алюминий.

2. Напишите формулы: соляная кислота, гидроксид натрия, хлорид железа (III), оксид кальция.

3. Вычислите массовые доли веществ в азотной кислоте.

4. Найдите массу кальция количеством вещества 0,8 моль.

5.Рассчитайте объем кислорода (н.у.) количеством вещества 1,5 моль.

Вариант 2.

1. Напишите символы: Водород, хлор, калий, магний, железо.

2. Напишите формулы: серная кислота, гидроксид калия, хлорид железа (II), оксид алюминия.

3. Вычислите массовые доли веществ в угольной кислоте.

4. Найдите массу железа количеством вещества 0,7 моль.

5.Рассчитайте объем водорода (н.у.) количеством вещества

2,3 моль.

Контрольная работа № 3 по теме « Основные классы неорганических соединений. Строение атома» для 8 класса.

Вариант 1.

1. Химический диктант: оксид калия, серная кислота, гидроксид натрия, хлорид натрия, оксид серы (VІ), соляная кислота, гидроксид меди, нитрат серебра, азотная кислота, сульфат калия, угольная кислота.

2. Напишите химические свойства кислот.

3. Напишите строение электронной оболочки натрия, серы.

4. Вычислите массовые доли всех химических элементов в Al2(SO4)3

5.Рассчитайте объем водорода (н.у.), который выделится при взаимодействии 4,9 г серной кислоты с цинком.

Вариант 2.

1. Химический диктант: оксид калия, серная кислота, гидроксид натрия, хлорид натрия, оксид серы (VІ), соляная кислота, гидроксид меди, нитрат серебра, азотная кислота, сульфат калия, угольная кислота.

2. Напишите химические свойства оснований.

3. Напишите строение электронной оболочки лития, кислорода.

4. Вычислите массовые доли всех химических элементов в Fe2(SO4)3

5.Рассчитайте объем кислорода (н.у.), выделившегося при разложении 237 г карбоната кальция.

Итоговая контрольная работа для 8 класса.

Вариант 1.

1.Химический диктант: водород, кислород, сера, хлор, магний, фтор, алюминий, фосфор, натрий, бериллий.

2.Найдите число протонов и нейтронов, заряд ядра и число электронов: алюминий.

3. Определить типы химической связи:

HF Cl2 Mg KBr

4. Определить массу оксида натрия количеством вещества

0,25 моль.

5. Вычислите объем углекислого газа, которая образуется при разложении CaCO3 количеством вещества 0,15 моль (н.у) .

Вариант 2.

1.Химический диктант: водород, кислород, сера, хлор, магний, фтор, алюминий, фосфор, натрий, бериллий.

2.Найдите число протонов и нейтронов, заряд ядра и число электронов: хлор.

3. Определить типы химической связи: H h3S Fe Na2O

4. Определить массу оксида натрия количеством вещества

0,25 моль.

5. Вычислите объем углекислого газа, которая образуется при разложении CaCO3, количеством вещества 0,15 моль (н.у) .

Решебник (гдз) по учебнику химии 8 класс Кузнецова


Решебник по химии 8 класс Кузнецова Л.М.

Учебник по химии для учащихся 8 классов написан Кузнецовой Л.М. . Учебник выпущен издательством «Мнемозина» в  2008 году. Учебник полностью соответствует федеральному компоненту образовательного стандарта по  химии. Он рекомендован к применению Министерством образования и науки Российской Федерации.

Материал учебника включает следующие темы:  современные представления о строении вещества, химическая связь, строение атома, периодическая система элементов Д.И. Менделеева, периодический закон, основные классы неорганических соединений. Теоретический материал в пособие прекрасно структурирован, авторы в доступной и понятной форме объясняют школьникам основные задачи и законы физики. Главной задачей учебника является сформировать у учащихся определенного научного мировоззрения и понимания природы явлений, которые его окружают.

Учебник сопровождается качественным дидактическим материалом, который делится на три уровня: иллюстративное отображение химического эксперимента, графическое изображение модельных схем и материальных моделей,  а также ряд иллюстраций, который описывают связь химии с жизнью. Иллюстрации необходимы для лучшего понимания и осознания теоретического материала.

Материал учебника строится по изначально заданной  схеме: состав, строение, свойства вещества. Такой подход к изложению материала обеспечивает его целостное восприятие и понимание. В ходе изложения параграфа присутствуют упражнения и задачи, которые необходимы для закрепления изученного материала.

В учебнике также присутствуют творческие задания и задания на смекалку, призванные заставить школьника мыслить нестандартно, самостоятельно искать решение, возникших перед ним проблем. В учебнике большая роль отведена практической и экспериментальной ориентации материала, этому способствуют многочисленные демонстрации опытов, исследований, заданий для лабораторных работ.

ГДЗ по химии 8 класс Кузнецова Л.М.

Комментарии

Чистая и прикладная химия Том 92, выпуск 8

Требуется аутентификация Доступный 6 июля 2020 г.

Аннотация

В статье описывается синтез и тестирование новых биоразлагаемых полимерных мембран на основе полилактида с желаемыми механическими свойствами, которые способны к замедленному и направленному высвобождению биомакромолекул с высокой молекулярной массой (в частности, стрептокиназы; m.ш. 47 кДа). Стрептокиназа — фармацевтическое средство, обладающее выраженной тромболитической активностью. Синтезированные мембраны имели относительное удлинение 2–11% и предел прочности при растяжении 25–85 МПа. Они были биоразлагаемыми, но при хранении в водной среде в отсутствие биологических объектов растворялись бы не более чем на 10% за 6 месяцев. Синтезированные мембраны были способны к контролируемому высвобождению стрептокиназы в межклеточное пространство, при этом фермент сохранял более 90% своей исходной активности.Скорость высвобождения стрептокиназы из мембран варьировала от 0,01 до 0,04 мг / день на см 2 поверхности мембраны. Испытанные в работе образцы мембран не оказывали кратковременного токсического воздействия на клетки, растущие de novo на поверхности мембраны. Митотический индекс этих клеток составлял примерно 1,5%, а количество нежизнеспособных клеток на поверхности полимерных пленок не превышало 3–4% от их общего количества. Имплантация синтезированных полимеров — как индивидуальных пленок, так и покрытий нитиноловых стентов — не сопровождалась послеоперационными осложнениями.Последующее гистологическое исследование патологий не выявило. Через два месяца после имплантации полимерных пленок в тканях, окружающих имплантат, были обнаружены только следы полилактида. Имплантация стентов, покрытых полимерами, содержащими стрептокиназу, привела к образованию зрелых и толстых соединительнотканных капсул. Таким образом, синтезированные и испытанные в данной работе полилактидные мембраны являются биоразлагаемыми, обладают необходимыми механическими свойствами и способны к замедленному и направленному высвобождению макромолекул стрептокиназы.

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

  • В вашем браузере отключены файлы cookie.Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
  • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
  • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
  • Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie.Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
  • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

Оха-спироциклы: синтез, свойства и применение

Окса-спироциклы: синтез, свойства и применение

К. Фоминова, Т. Дьячук, Д. Гранат, Т. Савчук, В. Вильчинский, О. Светличный, В. Мелианцев, И. Ковальчук, Е. Лицкан, Вадим В. Левтеров, В. Р. Бадло, Р. И. Васкевич, А. И. Васкевич, А.В. Больбут, В.В. Семено, Р. Иминов, К. Швыденко, А.С. Кузнецова, Ю.В. Дмитриев, Д. Высочин, В.Рипенко, А.А. Толмачев, О. Павлова, Х. Кузнецова, И. Пишель, П. Бориско, П. К. Михайлюк, Chem. Sci. , 2021, 12 , 11294 DOI: 10.1039 / D1SC03615G

Эта статья находится под лицензией Лицензия Creative Commons Attribution-NonCommercial 3.0 Unported. Можно использовать материал из эта статья в других публикациях, без запроса дальнейшего разрешения от RSC, при условии, что дано правильное подтверждение и оно не используется в коммерческих целях.

Чтобы запросить разрешение на воспроизведение материала из этой статьи в коммерческой публикации , перейдите на страницу запроса Центра проверки авторских прав.

Если вы являетесь автором, участвующим в публикации RSC, вам не нужно запрашивать разрешение при условии правильного подтверждения.

Если вы автор этой статьи, вам не нужно запрашивать разрешение на воспроизведение рисунков. и диаграммы при условии правильного подтверждения.Если вы хотите воспроизвести целое статья в стороннем коммерческом издании (за исключением вашей диссертации / диссертации, для которой разрешение не требуется) перейдите в раздел Авторские права Страница запроса Клирингового центра.

Подробнее о том, как правильно распознавать содержимое RSC.

PeerJ — Профиль — Ирина Кузнецова

8 апреля 2019 г.

Олеся В.Степаненко, Ольга Владимировна Степаненко, Ирина Михайловна Кузнецова, Константин Константинович Туроверов

https://doi.org/10.7717/peerj.6707 PubMed 309

18 апреля 2016 г.

Ольга В. Степаненко, Денис О. Рогинский, Олеся В. Степаненко, Ирина М.Кузнецова, Владимир Николаевич Уверский, Константин Константинович Туроверов

https://doi.org/10.7717/peerj.1642 PubMed 27114858

18 апреля 2016 г.

Ольга В. Степаненко, Денис О. Рогинский, Олеся В. Степаненко, Ирина Михайловна Кузнецова, Владимир Н.Уверский, Туроверов Константин Константинович

https://doi.org/10.7717/peerj.1574 PubMed 27114857

18 апреля 2016 г.

Ольга В. Степаненко, Денис О. Рогинский, Олеся В. Степаненко, Ирина М. Кузнецова, Владимир Н. Уверский, Константин К.Туроверов

https://doi.org/10.7717/peerj.1933 PubMed 27114880

18 марта 2014 г.

Александр В. Фонин, Ольга В. Степаненко, Ольга Ивановна Поварова, Екатерина А. Волова, Елизавета Михайловна Филиппова, Григорий С. Бубликов, Ирина М.Кузнецова, А.П. Демченко, Константин Константинович Туроверов

https://doi.org/10.7717/peerj.275 PubMed 24711960

Дж Карл Джонсон

Ачар, С.К., Чжан, Л., и Джонсон, Дж. К. (2021 г.). Эффективно обученный потенциал глубокого обучения для Graphane. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 125 (27), 14874-14882.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.1c01411.

Ан, Ю., Кляйнхаммес, А., Дойл, П., Чен, Е.Ю., Сонг, Ю., Моррис, А.Дж., Гиббонс, Б., Цай, М., Джонсон, Дж. К., Шукла, ПБ, Во, Миннесота , Вэй, X., Вилмер, CE, Раффли, JP, Хуанг, Л., Товар, Т.М., Мал, Дж. Дж., Карвацки, CJ, и Ву, Ю. (2021). In situ ядерно-магнитно-резонансное исследование молекулярной адсорбции и кинетики в металлорганической структуре UiO-66. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ ПИСЬМА , 12 (2), 892-899.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpclett.0c03504.

Клан, Дж. М., Харпер, Д. К., Раффли, Дж. П., Ган, X.Y., Миллстон, Дж. Э., и Джонсон, Дж. К. (2021 г.). Теоретическое исследование влияния вакансий и беспорядка на электронные свойства Cu2-xSe. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 125 (22), 12324-12332 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.1c02147.

Ли, Л., Юинг, К.С., Абдельгайд, М., Банерджи, С., Гарза, Р.Б., Хаку, Р., Хесс, Н.Д., Хонг, С., Исламов, М., Лучани, Л.Л., Пападопулос, С., Паркер, К. ., Патель, Р.А., Павар, Р., Поклар, М.Х., Салем, М., Шабнам, Ф., Шукла, П.Б., Вена, С.К., Ван, Х., Ван, Р., Вэй, X., Ян, Ф. и Джонсон Дж. К. (2021 г.). Связывание CO и O на кластерах Pt с низкой симметрией, нанесенных на аморфный кремнезем. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 125 (25), 13780-13787. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.1c01452.

Удджайн, С.К., Багусетти, А., Мацуда, Ю., Танака, Х., Ахуджа, П., де Томас, К., Сакаи, М., Валлехос-Бургос, Ф., Футамура, Р., Суарес- Мартинес, И., Мацуката, М., Кодама, А., Гарберольо, Г., Гогоци, Ю., Джонсон, Дж. К., и Канеко, К. (2021). Адсорбционное разделение более тяжелых изотопных газов в субнанометровых углеродных порах. ПРИРОДА СВЯЗИ , 12 (1), 546. Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10.1038 / s41467-020-20744-6.

Во, М.Н., Раффли, Дж. П., и Джонсон, Дж. К. (2021 г.). Влияние дефектов на разложение имитаторов боевых отравляющих веществ в металлоорганических каркасах на основе Zr. AICHE JOURNAL , 67 (3) .Wiley. DOI: 10.1002 / aic.17156.

Цай, Т., Чен, X., Джонсон, Дж. К., Ву, Ю., Ма, Дж., Лю, Д., и Лян, К. (2020). Понимание и улучшение кинетики объемной карбонизации карбоната натрия. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 124 (42), 23106-23115 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.0c05380.

Ли, Л., Трепте, К., Джексон, К.А., и Джонсон, Дж. К. (2020). Применение функциональной теории скорректированной плотности самовзаимодействия к ранним, средним и поздним переходным состояниям. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ A , 124 (40), 8223-8234 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpca.0c06485.

Раффли, Дж.П., Гуденаф И., Луо Т. Ю., Ричард М., Борге Э., Рози Н. Л. и Джонсон Дж. К. (2020). Дизайн, синтез и характеристика металлоорганических каркасов для улучшенной сорбции имитаторов боевых отравляющих веществ (том 123, стр.19748, 2019). ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 124 (36), 19873. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.0c07650.

Шульте, З.М., Квон, Й.Х., Хан, Ю., Лю, К., Ли, Л., Ян, Ю., Ярви, А.Г., Саксена, С., Весер, Г., Джонсон, Дж. К., и Рози, Н. Л. (2020). Разделение H-2 / CO2 в многокомпонентных металл-аденинатных MOF с несколькими химически различными поровыми средами. ХИМИЧЕСКАЯ НАУКА , 11 (47), 12807-12815. Королевское химическое общество (RSC). DOI: 10.1039 / d0sc04979d.

Вардзала, Дж. Дж., Раффли, Дж. П., Гуденаф, И., Шмидт, А. М., Шукла, П. Б., Вей, X., Багусетти, А., Де Соуза, М., Дас, П., Томпсон, Д. Д., Карвацки, К. Дж. , Уилмер, К.E., Borguet, E., Rosi, N.L., & Johnson, J.K. (2020). Моделирование диффузии ацетона в UiO-66. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 124 (52), 28469-28478, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.0c07040.

Багусетти, А., Джонсон, Дж. К. (2019). Раскрытие безводной протонной проводимости в гидроксиграфане. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ ПИСЬМА , 10 (3), 518-523 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ACS.jpclett.8b03627.

Багусетти А., Ливингстон Дж. И Джонсон Дж. К. (2019). Графамин: Функционализированный амином графан для собственной безводной протонной проводимости. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 123 (3), 1566-1571 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.8b09001.

Цай, Т., Джонсон, Дж. К., Ву, Ю., и Чен, X (2019). К пониманию кинетики улавливания CO2 карбонатом натрия. ПРИМЕНЯЕМЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ИНТЕРФЕЙСЫ ACS , 11 (9), 9033-9041 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acsami.8b20000.

Го, З., Джонсон, Дж. К., Лабик, С., и Хендерсон, Д. (2019). Проверка теории Дух-Хаймета-Хендерсона для смесей: корреляционные функции полости и избыточные объемы. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 117 (23-24), 3623-3631.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 00268976.2019.1656348.

Ли, Л., Янг, Ю., Мохамед, М.Х., Чжан, С., Весер, Г., Рози, Н.Л., и Джонсон, Дж. К. (2019). Фундаментальные представления о реакционной способности и использовании открытых металлических участков в Cu (I) -MFU-4l. Металлоорганические соединения , 38 (18), 3453-3459 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.organomet.9b00351.

Li, L., Zhang, S., Ruffley, J.P., & Johnson, J.K. (2019). Энергоэффективный синтез формальдегида прямым гидрированием окиси углерода в функционализированных металлоорганических каркасах. ACS SUSTAINABLE CHEMISTRY & ENGINEERING , 7 (2), 2508-2515, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acssuschemeng.8b05413.

Mohamed, M.H., Yang, Y., Li, L., Zhang, S., Ruffley, J.P., Jarvi, A.G., Saxena, S., Veser, G., Johnson, J.K., & Rosi, N.L. (2019). Проектирование открытых металлических площадок в металлоорганических каркасах для разделения парафинов и олефинов. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 141 (33), 13003-13007 Американское химическое общество (ACS).DOI: 10.1021 / jacs.9b06582.

Раффли, Дж. П., Гуденаф, И., Луо, Т. Ю., Ричард, М., Борге, Э., Рози, Н. Л., и Джонсон, Дж. К. (2019). Дизайн, синтез и характеристика металлоорганических каркасов для улучшенной сорбции имитаторов боевых отравляющих веществ. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 123 (32), 19748-19758 гг., Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.9b05574.

Во, м.Н., Калл, М., Кова, К., и Джонсон, Дж. К. (2019). Метод прогнозирования дипольных моментов сложных молекул для использования при оценке теплофизических свойств. ИССЛЕДОВАНИЯ ПРОМЫШЛЕННОЙ И ТЕХНИЧЕСКОЙ ХИМИИ , 58 (41), 19263-19270. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.iecr.9b03699.

Бхатнагар А., Джонсон Дж. К., Шаз М. А. и Шривастава О. Н. (2018). Tih3 как динамическая добавка для улучшения свойств де / регидрирования Mgh3: комбинированное экспериментальное и теоретико-механическое исследование. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 122 (37), 21248-21261 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.8b07640.

Sharkas, K., Li, L., Trepte, K., Withanage, K.P.K., Joshi, R.P., Zope, R.R., Baruah, T., Johnson, J.K., Jackson, K.A., & Peralta, J.E. (2018). Уменьшение ошибок самовзаимодействия с помощью функционального приближения плотности с коррекцией плотности на орбитальных орбитальных ферми-лоудинах. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ А , 122 (48), 9307-9315.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpca.8b09940.

Во, М.Н., Басдоган, Ю., Дерксен, Б.С., Пруст, Н., Кокс, Г.А., Ковал, К., Кейт, Дж. А., и Джонсон, Дж. К. (2018). Механизм полимеризации изобутилена: квантово-химическое понимание реакций, катализируемых AlCl3 / h3O. ACS CATALYSIS , 8 (9), 8006-8013 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acscatal.8b01494.

Во, м.Н., Брянцев В.С., Джонсон Дж. К., Кейт Дж. А. (2018). Сравнительный анализ связывания и селективности для экстрагентов лантаноидов с помощью квантовой химии. МЕЖДУНАРОДНЫЙ ЖУРНАЛ КВАНТОВОЙ ХИМИИ , 118 (7) .Wiley. DOI: 10.1002 / qua.25516.

Ye, J., Li, L., & Johnson, J.K. (2018). Влияние топологии металлоорганических каркасов, функционализированных парой Льюиса, на адсорбцию и гидрирование CO2. Наука и технология катализа , 8 (18), 4609-4617.DOI: 10.1039 / c8cy01018h.

Багусетти, А., Чоудхури, П., Саиди, В.А., Дерксен, Б., Гатто, Э., и Джонсон, Дж. К. (2017). Легкий безводный транспорт протонов на гидроксил-функционализированном графане. ПИСЬМА ОБЗОР ФИЗИЧЕСКОГО ОБЗОРА , 118 (18), 186101 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.118.186101.

Багусетти, А., Чоудхури, П., Саиди, В.А., Дерксен, Б., Гатто, Э., и Джонсон, Дж.К. (2017). Примечание издателя: легкий безводный транспорт протонов на гидроксил-функционализированном графане (том 18, 186101, 2017). ПИСЬМА С ОБЗОРОМ ФИЗИЧЕСКОГО ОБЗОРА , 118 (23), 239901 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.118.239901.

Bucior, B.J., Kolmakov, G.V., Male, J.M., Liu, J., Chen, D.L., Kumar, P., & Johnson, J.K. (2017). Адсорбция и диффузия жидкостей в дефектных углеродных нанотрубках: выводы из молекулярного моделирования. LANGMUIR , 33 (42), 11834-11844. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.langmuir.7b02841.

Голдсмит, Б.Р., Петерс, Б., Джонсон, Дж. К., Гейтс, Б.С., & Скотт, С.Л. (2017). Помимо обычных материалов: понимание каталитических участков на аморфных твердых телах. ACS CATALYSIS , 7 (11), 7543-7557 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acscatal.7b01767.

Джонсон, Дж.К., Хендерсон, Д., Лабик, С., & Малиевский, А. (2017). Сравнение корреляционных функций жидкости Леннарда-Джонса для замыкания Ду-Хаймета-Хендерсона первого порядка с молекулярным моделированием. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 115 (9-12), 1335-1342.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 00268976.2017.12

.

Ye, J., Yeh, B.Y., Reynolds, R.A., & Johnson, J.K. (2017). Скрининг активности пар Льюиса для гидрирования СО2. МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ , 43 (10-11), 821-827.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 08

2.2017.1295457.

Юинг, К.С., Багусетти, А., Патриарка, Э.Г., Ламбрехт, Д.С., Весер, Г., и Джонсон, Дж. К. (2016). Влияние взаимодействий носителей для одноатомных молибденовых катализаторов на аморфный кремнезем. ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОМЫШЛЕННОЙ И ТЕХНИЧЕСКОЙ ХИМИИ , 55 (48), 12350-12357, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.iecr.6b03558.

Юинг, К.С., Весер, Г., Маккарти, Дж. Дж., Ламбрехт, Д.С., и Джонсон, Дж. К. (2016). Прогнозирование взаимодействия катализатора и носителя между металлическими наночастицами и носителями из аморфного диоксида кремния. НАУКА О ПОВЕРХНОСТИ , 652, 278-285.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.susc.2016.03.004.

Saeger, A.R., Johnson, J.K., Chapman, W.G., & Henderson, D. (2016). Корреляция резонатора и мостиковые функции при высокой плотности и вблизи критической точки: проверка теории Перкуса-Йевика второго порядка. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 114 (16-17), 2516-2522.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 00268976.2016.1177662.

Ye, J., & Johnson, J.K. (2016). Каталитическое гидрирование CO2 в метанол в MOF, функционализированном парой Льюиса. НАУКА И ТЕХНОЛОГИЯ КАТАЛИЗА , 6 (24), 8392-8405, Королевское химическое общество (RSC). DOI: 10.1039 / c6cy01245k.

Остин, Н., Джонсон, Дж. К., и Мпурмпакис, Г.(2015). Au-13: адсорбирует CO, отклик наночастиц. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 119 (32), 18196-18202 гг., Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.5b03459.

Юинг, К.С., Хартманн, М.Дж., Мартин, К.Р., Мусто, А.М., Падинджарекут, С.Дж., Вайс, Э.М., Везер, Г., Маккарти, Д.Дж., Джонсон, Дж. К., и Ламбрехт, Д.С. (2015). Структурные и электронные свойства нанокластеров Pt-13 на подложках из аморфного кремнезема. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 119 (5), 2503-2512.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp5105104.

Юинг, К.С., Весер, Г., Маккарти, Дж. Дж., Джонсон, Дж. К., и Ламбрехт, Д.С. (2015). Влияние приготовления носителя и размера наночастиц на взаимодействие катализатор-носитель между Pt и аморфным кремнеземом. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 119 (34), 19934-19940, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acs.jpcc.5b05763.

Е., Дж., И Джонсон, Дж. (2015). Дизайн металлоорганических структур с парными функциональными группами Льюиса для гидрирования CO2. ACS CATALYSIS , 5 (5), 2921-2928 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acscatal.5b00396.

Ye, J., & Johnson, J.K. (2015). Скрининг парных групп Льюиса для каталитического гидрирования CO2 в функционализированном UiO-66. ACS CATALYSIS , 5 (10), 6219-6229 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / acscatal.5b01191.

Чан У., Чен Х., Сурапатхи А., Тейлор М.Г., Маранд Э., Шао Х. и Джонсон Дж. К. (2014). Функционализированные цвиттерионом углеродные нанотрубки / полиамидные нанокомпозитные мембраны для опреснения воды. САУ Нано , (7), 5308-5319. DOI: 10,1021 / NN4011494.

Чен, Д.Л., Ван, Н., Ван, Ф.Ф., Се, Дж., Чжун, Ю., Чжу, В., Джонсон, Дж. К., и Кришна, Р. (2014). Использование механизма открытия ворот в ZIF-7 для различения адсорбции между N2O и CO2. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 118 (31), 17831-17837 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp5056733.

Дунан Р., Хэнкс Б., Зданович Д., Куприянова Е., Питман Д., Батанина Н. и Джонсон Дж. (2014). Металлы, общество и экономика в позднеисторической евразийской степи. В Археометаллургия в глобальной перспективе . 97814614

, (стр. 755-784) Springer New York. DOI: 10.1007 / 978-1-4614-9017-3_26.

Юинг, К.С., Бхавсар, С., Весер, Г., Маккарти, Дж. Дж., И Джонсон, Дж. К. (2014). Точные модели поверхности аморфного кремнезема на основе первых принципов термодинамики поверхностного дегидроксилирования. LANGMUIR , 30 (18), 5133-5141 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / la500422p.

Ху, З.Й., Шао, X., Ван, Д., Лю, Л.М., и Джонсон, Дж. К. (2014). Изучение первых принципов декорированных литием гибридных доменов нитрида бора и графена для хранения водорода. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 141 (8), 084711. Издательство АИП. DOI: 10.1063 / 1.48.

Ли, П., Хенкельман, Г., Кейт, Дж. А., и Джонсон, Дж. К. (2014). Выявление опосредованных водным растворителем реакций переноса водорода с помощью ab Initio молекулярной динамики и исследований гидролиза NaBh5 с подталкиваемой эластичной лентой. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 118 (37), 21385-21399 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp507872d.

Перри, Р.Дж., Дженовезе, С.Е., Фарнум, Р.Л., Спири, И., Перри, Т.М., О’Брайен, М.Дж., Се, Х.Б., Чен, Д.Л., Эник, Р.М., Джонсон, Дж. К., и Альшахрани, С.С. (2014). Комбинированное экспериментальное и компьютерное исследование отдельных физических свойств аминосиликонов. ИССЛЕДОВАНИЯ ПРОМЫШЛЕННОЙ И ТЕХНИЧЕСКОЙ ХИМИИ , 53 (4), 1334-1341 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / ie4035835.

Zhang, B., van Duin, A.C.T., & Johnson, J.K. (2014).Разработка реактивного силового поля ReaxFF для смесей глицинат тетрабутилфосфония / CO2. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 118 (41), 12008-12016 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / jp5054277.

Чан В.Ф., Чен Х.Ю., Сурапатхи А., Тейлор М.Г., Шао Х., Маранд Э. и Джонсон Дж. К. (2013). Функционализированные цвиттерионом углеродные нанотрубки / полиамидные нанокомпозитные мембраны для опреснения воды. САУ НАНО , 7 (6), 5308-5319.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / NN4011494.

Chen, D.L., Mandeltort, L., Saidi, W.A., Jr, Y.J.T., Cole, M.W., & Johnson, J.K. (2013). Есть ли разница в ван-дер-ваальсовых взаимодействиях между атомами редких газов, адсорбированных на металлических и полупроводниковых однослойных углеродных нанотрубках? ПИСЬМА ОБЗОР ФИЗИЧЕСКОГО ОБЗОРА , 110 (13), 135503 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.110.135503.

Калп, Дж.T., Chen, D.L., Liu, J., Chirdon, D., Kauffman, K., Goodman, A., & Johnson, J.K. (2013). Влияние сокращения пор, вызванного спин-кроссовером, на взаимодействия CO2-хозяина в пористых координационных полимерах [Fe (пиразин) M (CN) (4)] (M = Ni, Pt). ЕВРОПЕЙСКИЙ ЖУРНАЛ НЕОРГАНИЧЕСКОЙ ХИМИИ , 2013 (4), 511-519.Wiley. DOI: 10.1002 / ejic.201201265.

Ли, П., Ю, Л., Мэтьюз, М.А., Саиди, В.А., и Джонсон, Дж. К. (2013). Разбавление NaBh5 из функциональной теории плотности и экспериментов. ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОМЫШЛЕННОЙ И ТЕХНИЧЕСКОЙ ХИМИИ , 52 (38), 13849-13861 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ie401742u.

Ли Т., Чен Д.Л., Салливан Дж.Э., Козловски М.Т., Джонсон Дж.К. и Рози Н.Л. (2013). Систематическая модуляция и повышение селективности CO2: N-2 и стабильности воды в изоретикулярной серии аналогов био-MOF-11. ХИМИЧЕСКАЯ НАУКА , 4 (4), 1746-1755.Королевское химическое общество (RSC).DOI: 10.1039 / c3sc22207a.

Mandeltort, L., Chen, D.L., Saidi, W.A., Johnson, J.K., Cole, M.W., & Jr, Y.J.T. (2013). Экспериментальное и теоретическое сравнение энергий десорбции газа на металлических и полупроводниковых однослойных углеродных нанотрубках. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 135 (20), 7768-7776 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ja402928s.

Сурапатхи, А., Чен, Х.Й., Маранд, Э., Джонсон, Дж. К., и Седлакова, З. (2013). Газосорбционные свойства углеродных нанотрубок, функционализированных цвиттерионами. ЖУРНАЛ МЕМБРАННОЙ НАУКИ , 429, 88-94.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.memsci.2012.11.021.

Zhang, B., & Johnson, J.K. (2013). Свойства слабосвязанного молекулярного кислорода на поверхности рутила TiO2 (110) из теории функционала плотности. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 117 (33), 17151-17158.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp4059142.

Bucior, B.J., Chen, D.L., Liu, J., & Johnson, J.K. (2012). Мембраны из пористых углеродных нанотрубок для разделения смесей H-2 / Ch5 и CO2 / Ch5. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 116 (49), 25904-25910 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp3098022.

Chen, D.L., Al-Saidi, W.A., & Johnson, J.K. (2012). Роль ван-дер-ваальсовых взаимодействий в адсорбции благородных газов на металлических поверхностях. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКИХ КОНДЕНСИРОВАННЫХ ВЕЩЕСТВ , 24 (42), 424211.IOP Publishing. DOI: 10.1088 / 0953-8984 / 24/42/424211.

Дуань, Ю., Чжан, Б., Сореску, округ Колумбия, Джонсон, Дж. К., Маджзуб, Э. Х., и Луэбке, Д. (2012). Изучение теории функционала плотности электронных, структурных, фононных динамических и термостабильных свойств бикарбонатов MHCO3, M = Li, Na, K. JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER , 24 (32), 325501-16.IOP Publishing.DOI: 10.1088 / 0953-8984 / 24/32/325501.

Mandeltort, L., Choudhury, P., Johnson, J.K., & Jr, Y.J.T. (2012). Реакционная способность метилового радикала на базисной плоскости графита. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 116 (34), 18347-18357, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp3063367.

Mandeltort, L., Choudhury, P., Johnson, J.K., & Jr, Y.J.T. (2012). Реакция базальной плоскости графита с метиловым радикалом. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ ПИСЬМА , 3 (12), 1680-1683 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jz300578x.

Маранд, Э., Сурапати, А., Карл Джонсон, Дж., Кумар, П., и Шанкар, К. (2012). Обзор: Нанофлюидный и газовый транспорт в мембранах углеродных нанотрубок. В Дополнительные материалы для подготовки мембран . (стр. 50-63) .Bentham Science Publishers Ltd. DOI: 10.2174 / 978160805308711201010050.

Чжан, Б., Дуан Ю. и Джонсон К. (2012). Изучение теории функциональной плотности улавливания CO2 оксидами и гидроксидами переходных металлов. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 136 (6), 064516. Издательство АИП. DOI: 10,1063 / 1,3684901.

Байрд, А.М., Ли, П., Марш, Х.С., Аль-Саиди, В.А., Джонсон, Дж.К., Мэтьюз, М.А., и Уильямс, К.Т. (2011). Термическая дегидратация и колебательные спектры гидратированных метаборатов натрия. ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОМЫШЛЕННОЙ И ИНЖЕНЕРНОЙ ХИМИИ , 50 (13), 7746-7752.DOI: 10.1021 / ie102345j.

Байрд, А.М., Ли, П., Марш, Х.С., Аль-Саиди, В.А., Джонсон, Дж.К., Мэтьюз, М.А., и Уильямс, К.Т. (2011). Термическая дегидратация и колебательные спектры гидратированных метаборатов натрия. Industrial & Engineering Chemistry Research , 50 (13), 7746-7752, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ie102345j.

Buettner, M., Choudhury, P., Johnson, J.K., & Jr, Y.J.T. (2011). Кластеры вакансий как входные порты для внедрения цезия в графит. УГЛЕРОД , 49 (12), 3937-3952. Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.carbon.2011.05.032.

Chen, D.L., Al-Saidi, W.A., & Johnson, J.K. (2011). Благородные газы на металлических поверхностях: советы по выбору места адсорбции. PHYSICAL REVIEW B , 84 (24) Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevB.84.241405.

Чоудхури, П., И Джонсон, Дж. (2011). Реакции метилхлорида на литированных углеродных нанотрубках: литий как реагент и катализатор. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 115 (23), 11694-11700 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp202688k.

Дуань, Ю., Чжан, Б., Сореску, округ Колумбия, и Джонсон, Дж. К. (2011). Свойства захвата CO2 в системах M-C-O-H (M = Li, Na, K): совместное исследование теории функционала плотности и динамики решеточных фононов. ЖУРНАЛ ТВЕРДОГО ХИМИИ , 184 (2), 304-311.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.jssc.2010.12.005.

Хао С., Ранкин Р. Б., Джонсон Дж. К. и Шолл Д. С. (2011). Поверхностные реакции Ash4, h3Se и h3S на поверхности Zn2TiO4 (010). НАУКА О ПОВЕРХНОСТИ , 605 (7-8), 818-823.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.susc.2011.01.025.

Ким, К.С., Кулкарни, А.Д., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2011). Проверка надежности расчетов из первых принципов термодинамики реакции гидрида металла путем обнаружения метастабильных путей реакции. ФИЗИЧЕСКАЯ ХИМИЯ ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА , 13 (48), 21520-21529. Королевское химическое общество (RSC). DOI: 10.1039 / c1cp22489a.

Ким, К.С., Кулкарни, А.Д., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2011). Крупномасштабный отбор гидридов металлов для хранения водорода на основе расчетов из первых принципов, основанных на термодинамике равновесных реакций. ФИЗИЧЕСКАЯ ХИМИЯ ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА , 13 (15), 7218-7229. Королевское химическое общество (RSC). DOI: 10.1039 / c0cp02950e.

Лю Дж., Кескин С., Шолл Д.С. и Джонсон Дж. К. (2011). Молекулярное моделирование и теоретические прогнозы адсорбции и диффузии смесей Ch5 / H-2 и CO2 / Ch5 в ZIF. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 115 (25), 12560-12566 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp203053h.

Лю, Дж., Ли, Дж. Ю., Пан, Л., Обермайер, Р. Т., Симидзу, С., Занде, Б., Санкар, С.Дж., Ли, Дж. И Джонсон, Дж. К. (2011). Одномерная адсорбция и диффузия в Zn (tbip). МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ , 37 (7), 640-646.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 08

2.2011.561431.

Миллер, М.Б., Чен, Д.Л., Любке, Д.Р., Джонсон, Дж. К., и Эник, Р.М. (2011). Критическая оценка растворимости CO2 в летучих растворителях при 298,15 К. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКИХ И ТЕХНИЧЕСКИХ ДАННЫХ , 56 (4), 1565-1572 Американское химическое общество (ACS).DOI: 10.1021 / je101161d.

Xie, H.B., Johnson, J.K., Perry, R.J., Genovese, S., & Wood, B.R. (2011). Вычислительное исследование теплоты реакции замещенного моноэтаноламина с CO2. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ А , 115 (3), 342-350 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / jp1081627.

Чен, Д.Л., Стерн, А.К., Спейс, Б., и Джонсон, Дж. К. (2010). Атомные заряды, производные от электростатических потенциалов для молекулярных и периодических систем. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ A , 114 (37), 10225-10233 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp103944q.

Гарберольо, Г., Джонсон, Дж. К. (2010). Разделение изотопов водорода в углеродных нанотрубках: расчет связанных вращательных и трансляционных состояний при высоких плотностях. ACS NANO , 4 (3), 1703-1715 гг. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / nn2x.

Кулькарни, А.Д., Ван, Л.Л., Джонсон, Д.Д., Шолл, Д.С., и Джонсон, Дж. К. (2010). Основные принципы характеризации аморфных фаз MB12h22, M = Mg, Ca. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 114 (34), 14601-14605 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp101326g.

Лабросс, М.Р., Джонсон, Дж. К. (2010). Наличие дефектных и недефектных межузельных каналов в связках углеродных нанотрубок: сравнение моделирования с экспериментами. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 114 (17), 7602-7610.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp6e.

Лабросс, М.Р., Чен, Л., и Джонсон, Дж. К. (2010). Изучение первых принципов вакансии и диффузии вольфрама в ГЦК кобальте. МОДЕЛИРОВАНИЕ И МОДЕЛИРОВАНИЕ В МАТЕРИАЛОВЕДЕНИИ И ТЕХНИКЕ , 18 (1), 015008.IOP Publishing. DOI: 10.1088 / 0965-0393 / 18/1/015008.

Лабросс, М.Р., Джонсон, Дж. К., и ван Дуин, A.C.T. (2010). Разработка переносимого реактивного силового поля для кобальта. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ A , 114 (18), 5855-5861 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp7r.

Mandeltort, L., Buettner, M., Jr, Y.J.T., Choudhury, P., Xiao, L., & Johnson, J.K. (2010). Разрыв углеродно-хлорной связи в однослойных углеродных нанотрубках, легированных литием: реакция Ch4Cl и лития. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 114 (40), 17148-17158, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp103942n.

Перри, Р.Дж., Гросела-Роча, Т.А., О’Брайен, М.Дж., Дженовезе, С., Вуд, Б.Р., Льюис, Л.Н., Лам, Х., Соловейчик, Г., Рубинштайн, М., Княянски, С., Дрейпер, С., Эник, Р.М., Джонсон, Дж. К., Се, HB, и Таприял, Д. (2010). Аминосиликоновые растворители для улавливания CO2. CHEMSUSCHEM , 3 (8), 919-930.Wiley. DOI: 10.1002 / cssc.201000077.

Xie, H.B., Zhou, Y., Zhang, Y., & Johnson, J.K.(2010). Механизм реакции моноэтаноламина с CO2 в водном растворе из молекулярного моделирования. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ A , 114 (43), 11844-11852 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp107516k.

Бюттнер, М., Сяо, Л., Мандельтор, Л., Эдингтон, С., Джонсон, Дж. К., и младший, Ю. Дж. Т. (2009). Повышение адсорбции внутри однослойных углеродных нанотрубок: влияние легирования литием на ван-дер-ваальсовую связь н-гептана. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 113 (12), 4829-4838.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp810139q.

Фельдман, Дж. Л., Джонсон, Дж. К., и Хемли, Р. Дж. (2009). Прыжок виброна и ангармонизм связи в горячем плотном водороде. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 130 (5), 054502. Издательство АИП. DOI: 10,1063 / 1,3072713.

Кескин, С., Лю, Дж., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2009). Атомарно-подробные модели диффузии газовой смеси через мембраны CuBTC. МИКРОПОРИСТЫЕ И МЕЗОПОРИСТЫЕ МАТЕРИАЛЫ , 125 (1-2), 101-106.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.micromeso.2009.01.016.

Кескин, С., Лю, Дж., Рэнкин, Р. Б., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д. С. (2009). Прогресс, возможности и проблемы применения атомно-детального моделирования к молекулярной адсорбции и переносу в металлоорганических каркасных материалах. ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОМЫШЛЕННОЙ И ТЕХНИЧЕСКОЙ ХИМИИ , 48 (5), 2355-2371 Американское химическое общество (ACS).DOI: 10.1021 / ie800666s.

Килич, С., Ван, Ю., Джонсон, Дж. К., Бекман, Э. Дж., И Эник, Р. М. (2009). Влияние трет-аминогрупп на растворимость полимеров в СО2. ПОЛИМЕР , 50 (11), 2436-2444.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.polymer.2009.03.012.

Ким, К.С., Дай, Б., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2009). Оценка влияния размера наночастиц на термодинамику гидрида металла с использованием конструкции Вульфа. НАНОТЕХНОЛОГИИ , 20 (20), 204001.IOP Publishing. DOI: 10.1088 / 0957-4484 / 20/20/204001.

Лю Дж. И Джонсон Дж. К. (2009). Прогнозирование селективности смеси Ch5 / H-2 в Zn (tbip) на основе компьютерного моделирования. ЖУРНАЛ ФИЗИКИ НИЗКИХ ТЕМПЕРАТУР , 157 (3-4), 268-276.Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10.1007 / s10909-009-9910-2.

Лю Дж., Рэнкин Р. Б. и Джонсон Дж.К. (2009). Важность зарядово-квадрупольных взаимодействий для адсорбции и диффузии h3 в CuBTC. МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ , 35 (1-2), 60-69.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 08

0802398926.

Люкинг, А.Д., Ким, Х.Ю., Ягелло, Дж., Бэнкрофт, К., Джонсон, Дж. К., и Коул, М. В. (2009). Тесты распределения пор по размерам, полученные на основе инверсии смоделированных и реальных данных адсорбции. ЖУРНАЛ ФИЗИКИ НИЗКИХ ТЕМПЕРАТУР , 157 (3-4), 410-428.ООО «Спрингер Сайенс энд Бизнес Медиа». DOI: 10.1007 / s10909-009-9911-1.

Миллер, М. Б., Чен, Д. Л., Се, Х. Б., Любке, Д. Р., Джонсон, Дж. К., и Эник, Р. М. (2009). Растворимость СО2 в СО2-фильных олигомерах; Прогнозы и экспериментальные результаты COSMOtherm. РАВНОВЕСИЕ ФАЗЫ ЖИДКОСТИ , 287 (1), 26-32.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.fluid.2009.08.022.

Мышакин Э.М., Цзян Х., Варзинский Р.П., и Джордан, К. (2009). Молекулярно-динамическое моделирование разложения гидрата метана. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ А , 113 (10), 1913-1921 гг. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp807208z.

Рэнкин, Р. Б., Лю, Дж., Кулкарни, А. Д., и Джонсон, Дж. К. (2009). Адсорбция и диффузия легких газов в ЗИФ-68 и ЗИФ-70: имитационное исследование. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 113 (39), 16906-16914. Американское химическое общество (ACS).DOI: 10.1021 / jp

5m.

Wang, Y., Hong, L., Tapriyal, D., Kim, I.C., Paik, I.H., Crosthwaite, J.M., Hamilton, A.D., Thies, M.C., Beckman, E.J., Enick, R.M., & Johnson, J.K. (2009). Дизайн и оценка нефтористых CO2-растворимых олигомеров и полимеров. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 113 (45), 14971-14980 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp

12.

Yim, W.L., И Джонсон, Дж. (2009). Окисление озоном однослойных углеродных нанотрубок на основе функциональной теории плотности. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 113 (41), 17636-17642, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp9c.

Алапати, С.В., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д. С. (2008). Крупномасштабный скрининг смесей гидридов металлов для хранения водорода большой емкости на основе расчетов из первых принципов. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 112 (14), 5258-5262.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp800630s.

Calbi, M.M., Cole, M.W., Gatica, S.M., Bojan, M.J., & Johnson, J.K. (2008). Адсорбированные газы в связках углеродных нанотрубок. В Адсорбция углями . (стр. 187-210) Эльзевье. DOI: 10.1016 / b978-008044464-2.50013-4.

Дай Б., Рэнкин Р. Б., Джонсон Дж. К., Аллендорф, М. Д., Шолл, Д. С., Заркевич, Н. А., Джонсон, Д. Д. (2008).Влияние поверхностных реакций на обратимость комплексного гидрида. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 112 (46), 18270-18279, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp807162k.

Дай Б., Шолл Д.С. и Джонсон Дж. К. (2008). Первопринципное исследование экспериментальных и гипотетических кристаллических структур Mg (Bh5) (2). ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 112 (11), 4391-4395 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp710154t.

Кескин, С., Лю, Дж., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2008). Проверка точности корреляций для многокомпонентного массопереноса адсорбированных газов в металлоорганических каркасах: Диффузия смесей H-2 / Ch5 в CuBTC. LANGMUIR , 24 (15), 8254-8261 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / la800486f.

Ким, Х.Ю., Лукинг, А.Д., Гатика, С.М., Джонсон, Дж. К., и Коул, М. В. (2008).Принцип соответствующих состояний для физадсорбции и отклонений для квантовых жидкостей. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 106 (12-13), 1579-1585.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 00268970802189770.

Лабросс, М.Р., Ши, В., и Джонсон, Дж. К. (2008). Адсорбция газов в углеродных нанотрубках: важны ли межузельные зоны дефектов ?. LANGMUIR , 24 (17), 9430-9439, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / la801051u.

Лю Дж., Ли, Дж. Ю., Пан, Л., Обермайер, Р. Т., Симизу, С., Занде, Б., Ли, Дж., Санкар, С. Г., и Джонсон, Дж. К. (2008). Адсорбция и диффузия водорода в новом металлоорганическом каркасном материале: [Zn (bdc) (ted) (0.5)]. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 112 (8), 2911-2917, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp710011b.

Рэнкин, Р. Б., Кампос, А., Тиан, Х., Сиривардейн, Р., Рой, А., Спайви, Дж. Дж., Шолл, Д. (2008).Характеристика объемной структуры в ортотитанате цинка: теория функционала плотности и исследование EXAFS. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО КЕРАМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 91 (2), 584-590.Wiley. DOI: 10.1111 / j.1551-2916.2007.02186.x.

Ранкин, Р. Б., Хао, С., Шолл, Д. С., и Джонсон, Дж. К. (2008). DFT-характеристика механизмов адсорбции и диффузии H, As, S и Se на поверхности ортотитаната цинка (010). НАУКА О ПОВЕРХНОСТИ , 602 (10), 1877-1882.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.susc.2008.03.037.

Рэнкин, Р. Б., Шолл, Д. С., и Джонсон, Дж. К. (2008). Расчеты теории функционала плотности структуры поверхности обратного ортотитаната цинка шпинели. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКИХ КОНДЕНСИРОВАННЫХ ВЕЩЕСТВ , 20 (9), 095001.IOP Publishing. DOI: 10.1088 / 0953-8984 / 20/9/095001.

Tapriyal, D., Wang, Y., Enick, R.M., Johnson, J.K., Crosthwaite, J., Thies, M.К., Пайк, И.Х., и Гамильтон, А.Д. (2008). Поли (винилацетат), поли ((1-O- (винилокси) этил-2,3,4,6-тетра-O-ацетил-бета-D-глюкопиранозид) и аморфная поли (молочная кислота) являются наиболее CO2- растворимые кислородсодержащие полимеры на основе углеводородов. JOURNAL OF SUPERCRITICAL FLUIDS , 46 (3), 252-257.Elsevier BV. doi: 10.1016 / j.supflu.2008.05.001.

Тернер, С.Х., Бреннан, Дж. К., Лизал, М., Смит, В. Р., Джонсон, Дж. К., и Габбинс, К. Э. (2008). Моделирование равновесий химических реакций методом ансамбля реакций Монте-Карло: обзор. МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ , 34 (2), 119-146.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 08

0801986564.

Алапати, С.В., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2007). Анализ устойчивости легированных материалов для обратимого хранения водорода в дестабилизированных гидридах металлов. PHYSICAL REVIEW B , 76 (10) Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevB.76.104108.

Алапати, С.В., Джонсон, Дж.К. и Шолл Д.С. (2007). Использование первых принципов расчетов для выявления новых дестабилизированных реакций гидрида металла для обратимого хранения водорода. ФИЗИЧЕСКАЯ ХИМИЯ ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА , 9 (12), 1438-1452. Королевское химическое общество (RSC). DOI: 10.1039 / b617927d.

Алапати, С.В., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2007). Первые принципы скрининга дестабилизированных гидридов металлов для хранения H-2 большой емкости с использованием скандия. ЖУРНАЛ СПЛАВОВ И СОЕДИНЕНИЙ , 446, 23-27.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.jallcom.2006.10.166.

Алапати, С.В., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2007). Прогнозирование реакционного равновесия для реакций разложения дестабилизированного гидрида металла для обратимого хранения водорода. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 111 (4), 1584-1591 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp065117 +.

Дай Б., Шолл Д.С. и Джонсон Дж. К. (2007).Первопринципное исследование адсорбции и диссоциации водорода на поверхности Mg2Si. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 111 (18), 6910-6916 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp070469h.

Килич, С., Михалик, С., Ван, Ю., Джонсон, Дж. К., Эник, Р. М., и Бекман, Э. Дж. (2007). Фазовое поведение кислородсодержащих полимеров в СО2. МАКРОМОЛЕКУЛЫ , 40 (4), 1332-1341 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ma061422h.

Ким, С., Чен, Л., Джонсон, Дж. К., и Маранд, Э. (2007). Мембраны со смешанной матрицей из полисульфона и функционализированных углеродных нанотрубок для разделения газов: теория и эксперимент. ЖУРНАЛ МЕМБРАННОЙ НАУКИ , 294 (1-2), 147-158.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.memsci.2007.02.028.

Кондратюк, П., Ван, Ю., Лю, Дж., Джонсон, Дж. К., и мл., Ю. Дж. Т. (2007). Внутри- и внутритрубная самодиффузия в н-гептане, адсорбированном на углеродных нанотрубках. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 111 (12), 4578-4584 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp0652704.

Лю Дж., Калп, Дж. Т., Натесакхават, С., Бократ, Б. К., Занде, Б., Санкар, С. Г., Гарберольо, Г., и Джонсон, Дж. К. (2007). Экспериментальные и теоретические исследования адсорбции газа в Cu-3 (BTC) (2): эффективная процедура активации. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ C , 111 (26), 9305-9313 Американское химическое общество (ACS).DOI: 10.1021 / jp071449i.

Розенбаум, Э.Дж., Инглиш, Нью-Джерси, Джонсон, Дж. К., Шоу, Д. В., и Варзински, Р. П. (2007). Теплопроводность гидрата метана из экспериментов и молекулярного моделирования. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 111 (46), 13194-13205 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp074419o.

Чжао, X., и Джонсон, J.K. (2007). Моделирование адсорбции ДНК на углеродных нанотрубках. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 129 (34), 10438-10445. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ja071844m.

Алапати, С.В., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2006). Идентификация дестабилизированных гидридов металлов для хранения водорода с использованием расчетов из первых принципов. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 110 (17), 8769-8776, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp060482m.

Был, О., Лю, Дж. К., Ван, Ю., Йим, В. Л., Джонсон, Дж. К., и младший, Ю. Дж. Т. (2006). Необычная водородная связь в углеродных нанотрубках, заполненных водой. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 128 (37), 12090-12097. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ja057856u.

Чен, Х. Б., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д. С. (2006). Транспортная диффузия газов в гибких углеродных нанотрубках происходит быстро. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 110 (5), 1971-1975.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp056911i.

Chen, L., Sholl, D.S., & Johnson, J.K. (2006). Изучение первых принципов адсорбции и диссоциации CO на W (111). ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 110 (3), 1344-1349 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp055374z.

Инглиш, штат Нью-Джерси, Сореску, округ Колумбия, и Джонсон, Дж. К. (2006). Влияние внешнего электромагнитного поля на рутил Тио (2): исследование молекулярной динамики. ЖУРНАЛ ФИЗИКИ И ХИМИИ ТВЕРДЫХ ТЕЛ , 67 (7), 1399-1409.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.jpcs.2006.01.101.

Гарберольо, Г., ДеКлавон, М.М., и Джонсон, Дж. К. (2006). Квантовое просеивание в однослойных углеродных нанотрубках: влияние потенциала взаимодействия и вращательно-поступательного взаимодействия. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 110 (4), 1733-1741 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp054511p.

Ким, С., Byl, O., Liu, J.C., Johnson, J.K., & Yates, J.T. (2006). Спектроскопическое измерение кинетики диффузии с помощью субнанометра и более крупных частиц Al2O3 новым методом: взаимодействие 2-хлорэтилэтилсульфида с гамма-Al2O3. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 110 (18), 9204-9210 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp057075f.

Ли, Дж. Г., Хонг, С. Х., Анер, Дж., Чжао, X.C., Чен, Л. А., Джонсон, Дж. К., и Йейтс, Дж.Т. (2006). Прямое наблюдение молекулярно-ориентированных молекул во втором физадсорбированном слое — CO / Ag (110). ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА ПИСЬМА , 418 (1-3), 90-95.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / j.cplett.2005.10.094.

Шолл, Д.С., и Джонсон, Дж. К. (2006). Изготовление высокопроницаемых мембран из углеродных нанотрубок. SCIENCE , 312 (5776), 1003-1004, Американская ассоциация развития науки (AAAS). DOI: 10.1126 / science.1127261.

Скулидас, А.И., Шолл Д.С., Джонсон Дж. К. (2006). Адсорбция и диффузия диоксида углерода и азота через мембраны из однослойных углеродных нанотрубок. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 124 (5), 054708. Издательство АИП. DOI: 10,1063 / 1,2151173.

Чен, Л., Джонсон, Дж. К. (2005). Формирование нечетных кластеров СО2, адсорбированных на пучках нанотрубок. ПИСЬМА ОБЗОР ФИЗИЧЕСКОГО ОБЗОРА , 94 (12), 125701 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.94.125701.

Инглиш, Нью-Джерси, Джонсон, Дж. К., и Тейлор, С. Е. (2005). Молекулярно-динамическое моделирование диссоциации гидрата метана. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 123 (24), 244503.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,2138697.

Фан, X., Потлури, В.К., Маклеод, М.К., Ван, Ю., Лю, Дж., Эник, Р.М., Гамильтон, А.Д., Робертс, К.Б., Джонсон, Дж. К., и Бекман, Э. Дж. (2005). Кислородсодержащие углеводородные ионные поверхностно-активные вещества обладают растворимостью в CO2. J Am Chem Soc , 127 (33), 11754-11762, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ja052037v.

Фан, X., Потлури, В.К., Маклеод, М.С., Ван, Ю., Лю, Дж. К., Эник, Р. М., Гамильтон, А. Д., Робертс, К. Б., Джонсон, Дж. К., и Бекман, Э. Дж. (2005). Кислородсодержащие углеводородные ионные поверхностно-активные вещества обладают растворимостью в CO2. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 127 (33), 11754-11762. DOI: 10.1021 / ja052037v.

Гарберольо, Г., Скулидас, А.И., Джонсон, Дж. К. (2005). Адсорбция газов в металлоорганических материалах: Сравнение моделирования и экспериментов. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 109 (27), 13094-13103 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp050948l.

Кондратюк, П., Ван, Ю., Джонсон, Дж. К., и Йейтс, Дж. Т. (2005). Наблюдение одномерного сайта адсорбции на углеродных нанотрубках: адсорбция алканов различной молекулярной длины. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 109 (44), 20999-21005 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / jp0582078.

Никитин А., Огасавара Х., Манн Д., Денеке Р., Чжан З., Дай Х., Чо К. и Нильссон А. (2005). Гидрирование однослойных углеродных нанотрубок. 95, (стр. 225507) Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.95.225507.

Йим, У.Л., Бил, О., Йейтс, Дж.T., & Johnson, J.K. (2005). Размерные эффекты на расщепление LO-TO в CF4: первые принципы и исследования поглощения инфракрасного излучения. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 127 (9), 3198-3206, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ja043540v.

Zhao, X.C., & Johnson, J.K. (2005). Эффективный потенциал для адсорбции полярных молекул на графите. МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ , 31 (1), 1-10.Informa UK Limited. DOI: 10.1080/08

042000272889.

Баради Б., Шойхет М.С., Шен, З.Х., МакХью, М.А., Хонг, Л., Ван, Ю., Джонсон, Дж. К., Бекман, Э. Дж., И Эник, Р. М. (2004). Синтез и растворимость линейного поли (тетрафторэтилен-винилацетата) в плотном CO2: результаты экспериментального и молекулярного моделирования. Макромолекулы , 37 (7799).

Баради, Б., Шойчет, М.С., Шен, З.Х., МакХью, М.А., Хонг, Л., Ван, Ю., Джонсон, Дж. К., Бекман, Э. Дж., И Эник, Р. М. (2004). Синтез и растворимость линейного поли (тетрафторэтилен-винилацетата) в плотном CO2: результаты экспериментального и молекулярного моделирования. МАКРОМОЛЕКУЛЫ , 37 (20), 7799-7807 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ma049384u.

Гатика, С.М., Джонсон, Дж.К., Чжао, X.C., и Коул, М.В. (2004). Смачивающий переход воды на графит и другие поверхности. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 108 (31), 11704-11708.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp048509u.

Матранга, К., Чен, Л., Бократ, Б., и Джонсон, Дж. К. (2004). Вытеснение CO2 Xe в пучках однослойных углеродных нанотрубок. PHYSICAL REVIEW B , 70 (16), 1-7 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevB.70.165416.

Пан, Л., Сандер, М.Б., Хуанг, X.Y., Ли, Дж., Смит, М., Биттнер, Э., Бократ, Б., и Джонсон, Дж.К. (2004). Микропористые металлоорганические материалы: перспективные кандидаты в качестве сорбентов для хранения водорода. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 126 (5), 1308-1309 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / ja03

.

Йим, У.Л., Бил, О., Йейтс, Дж. Т., и Джонсон, Дж. К. (2004). Колебательное поведение адсорбированного CO2 на однослойных углеродных нанотрубках. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 120 (11), 5377-5386.AIP Publishing. DOI: 10.1063 / 1.1648017.

Чжао, X.C., Джонсон, J.K., & Rasmussen, C.E. (2004). Поверхностное натяжение квантовых жидкостей из молекулярного моделирования. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 120 (18), 8707-8715. Издательство АИП. DOI: 10,1063 / 1,1695317.

Акерман, Д.М., Скулидас, А.И., Шолл, Д.С., и Джонсон, Дж. К. (2003). Коэффициент диффузии Ar и Ne в углеродных нанотрубках. МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ , 29 (10-11), 677-684.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 08

031000103239.

Бил, О., Кондратюк, П., Форт, С.Т., Фитцджеральд, С.А., Чен, Л., Джонсон, Дж. К., и Йейтс, Дж. Т. (2003). Адсорбция CF4 на внутренней и внешней поверхностях открытых однослойных углеродных нанотрубок: исследование колебательной спектроскопии. ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 125 (19), 5889-5896. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ja020949g.

Килич, С., Михалик, С., Ван, Ю., Джонсон, Дж. К., Эник, Р. М., и Бекман, Э. Дж. (2003). Эффект привитого Группы оснований Льюиса на фазовом поведении модельных поли (диметилсилоксанов) в CO2. Industr. Англ. Chem. Res. , 42 (6415).

Килич, С., Михалик, С., Ван, Ю., Джонсон, Дж. К., Эник, Р. М., и Бекман, Э. Дж. (2003). Влияние привитых групп оснований Льюиса на фазовое поведение модельных поли (диметилсилоксанов) в CO2. ИССЛЕДОВАНИЯ ПРОМЫШЛЕННОЙ И ИНЖЕНЕРНОЙ ХИМИИ , 42 (25), 6415-6424.Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / ie030288b.

Матранга, К., Чен, Л., Смит, М., Биттнер, Э., Джонсон, Дж. К., и Бократ, Б. (2003). Захваченный СО2 в пучках углеродных нанотрубок. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 107 (47), 12930-12941. Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp0364654.

Ши В. и Джонсон Дж. К. (2003). Адсорбция газа на гетерогенных однослойных углеродных нанотрубках. ПИСЬМА С ОБЗОРОМ ФИЗИЧЕСКОГО ОБЗОРА , 91 (1), 015504 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.91.015504.

Ши В., Джонсон Дж. К. и Коул М. В. (2003). Смачивающие переходы водорода и дейтерия на поверхности щелочных металлов. PHYSICAL REVIEW B , 68 (12) Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevB.68.125401.

Смит, М.Р., Биттнер, Э.В., Ши, В., Джонсон, Дж.К., & Бократ, Б.С. (2003). Химическая активация однослойных углеродных нанотрубок для адсорбции водорода. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 107 (16), 3752-3760 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp027631v.

Бократ Б., Джонсон Дж. К., Шолл Д. С., Ховард Б., Матранга К., Ши В. и Сореску Д. (2002). Воспламенение нанотрубок вспышкой. НАУКА , 297 (5579), 192 Американская ассоциация развития науки (AAAS).DOI: 10.1126 / science.297.5579.192.

Challa, S.R., Sholl, D.S., & Johnson, J.K. (2002). Адсорбция и разделение изотопов водорода в углеродных нанотрубках: многокомпонентные большие канонические модели Монте-Карло. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 116 (2), 814-824.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,1423665.

Квон, С., Рассел, Дж., Чжао, X.C., Видич, Р.Д., Джонсон, Дж. К., и Боргет, Э.(2002). Совместное экспериментальное и теоретическое исследование полярной адсорбции / десорбции органических соединений на модельных углеродистых поверхностях: ацетон на графите. LANGMUIR , 18 (7), 2595-2600, Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / la001666 +.

Ши, В., Чжао, X.C., и Джонсон, Дж. К. (2002). Фазовые переходы адсорбированных жидкостей, рассчитанные на основе повторного взвешивания нескольких гистограмм. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 100 (13), 2139-2150.Informa UK Limited.DOI: 10.1080 / 00268970210122118.

Симонян В.В., Джонсон Дж.К. (2002). Хранение водорода в углеродных нанотрубках и графитовых нановолокнах. ЖУРНАЛ СПЛАВОВ И СОЕДИНЕНИЙ , 330, 659-665.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / S0925-8388 (01) 01664-4.

Скулидас, А.И., Акерман, Д.М., Джонсон, Дж. К., и Шолл, Д.С. (2002). Быстрый перенос газов в углеродных нанотрубках. ПИСЬМА ОБЗОР ФИЗИЧЕСКОГО ОБЗОРА , 89 (18), 185901.Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.89.185901.

Тернер, К.Х., Бреннан, Дж. К., Джонсон, Дж. К., и Габбинс, К. Э. (2002). Влияние удержания пористыми материалами на кинетику химических реакций. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 116 (5), 2138-2148.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,1431590.

Zhao, X.C., Kwon, S., Vidic, R.D., Borguet, E., & Johnson, J.K. (2002). Слои и ориентационное упорядочение пропана на графите: экспериментальное и модельное исследование. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 117 (16), 7719-7731.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,1508363.

Challa, S.R., Sholl, D.S., & Johnson, J.K. (2001). Разделение легких изотопов в углеродных нанотрубках путем квантового молекулярного сита. PHYSICAL REVIEW B , 63 (24), 2454191-2454199 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevB.63.245419.

Дипак, Блейки, П.А., и Джонсон, К.(2001). TCAD-моделирование теста ионной имплантации для контроля качества подложек из GaAs, используемых для изготовления имплантированных устройств. Журнал электронных материалов , 30 (2), 70-77.Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10.1007 / s11664-001-0102-3.

Кузнецова А., Йейтс, Дж. Т., Симонян, В. В., Джонсон, Дж. К., Хаффман, К. Б., & Смолли, Р. (2001). Оптимизация кинетики адсорбции Xe в однослойных углеродных нанотрубках. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 115 (14), 6691-6698.Издательство AIP. DOI: 10,1063 / 1,1395057.

Манро, Л.Дж., Джонсон, Дж. К., и Джордан, К. Д. (2001). Межатомный потенциал димера ртути. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 114 (13), 5545-5551.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,1351877.

Ши В. и Джонсон Дж. К. (2001). Повторное взвешивание гистограммы и масштабное исследование флюидов Леннарда-Джонса. РАВНОВЕСИЕ ФАЗЫ ЖИДКОСТИ , 187, 171-191.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / S0378-3812 (01) 00534-9.

Симонян В.В., Джонсон Дж.К., Кузнецова А., Йейтс Дж. (2001). Молекулярное моделирование адсорбции ксенона на однослойных углеродных нанотрубках. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 114 (9), 4180-4185.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,1344234.

Тернер, К. Х., Джонсон, Дж. К., и Габбинс, К. Э. (2001). Влияние ограничения на равновесие химических реакций: реакции 2NO (NO) (2) и N-2 + 3H (2) 2NH (3) в углеродных микропорах. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 114 (4), 1851-1859. Издательство AIP. DOI: 10,1063 / 1,1328756.

Тернер, Х.С., Джонсон, К.Дж., и Габбинс, К.Э. (2001). Влияние удержания на равновесие химических реакций: реакции 2NO ↔ (NO) 2 и N2 + 3h3 ↔ 2Nh4 в углеродных микропорах. Журнал химической физики , 114 (4), 1851–1859. DOI: 10,1063 / 1,1328756.

Дип П. и Джонсон Дж.К. (2000). Точный потенциал взаимодействия H-2-H-2 из первых принципов. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 112 (10), 4465-4473.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,481009.

Diep, P., & Johnson, J.K. (2000). Точный потенциал взаимодействия H-2-H-2 из первых принципов (том 112, стр. 4465, 2000). ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 113 (8), 3480-3481.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,1287060.

Gatica, S.М., Стэн, Г., Калби, М. М., Джонсон, Дж. К., и Коул, М. В. (2000). Осевая фаза квантовых жидкостей в нанотрубках. ЖУРНАЛ ФИЗИКИ НИЗКИХ ТЕМПЕРАТУР , 120 (5-6), 337-359.Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10,1023 / А: 1004636703649.

Костов, М.К., Коул, М.В., Льюис, Дж. К., Дип, П., и Джонсон, Дж. К. (2000). Многочастичные взаимодействия между адсорбированными атомами и молекулами в углеродных нанотрубках и в свободном пространстве. ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА ПИСЬМА , 332 (1-2), 26-34.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / S0009-2614 (00) 01245-8.

(1999). Сита для массового разделения водорода. Мир научных вычислений , (45).

Challa, S.R., & Johnson, J.K. (1999). Молярные избыточные объемы жидких водородных и неоновых смесей из моделирования интегралов по траекториям. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 111 (2), 724-729.AIP Publishing. DOI: 10.1063 / 1.479351.

Харрис, М., Вагнер, Б., Халперн, С., Доббс, М., Пагель, К., Стаффл, Б., Хендерсон, Дж., И Джонсон, К. (1999). Полный двумерный электролюминесцентный (EL) анализ HBT GaAs / AlGaAs. Annual Proceedings — Reliability Physics (Symposium) , 121-127.

Джонсон Дж. И Винник Дж. (1999). Электрохимическое мембранное отделение хлора от газообразных хлороводородных отходов. Технология разделения и очистки , 15 (3), 223-229.Elsevier BV. DOI: 10,1016 / с1383-5866 (98) 00103-8.

Джонсон, Дж. К. (1999). Реактивный канонический Монте-Карло. МЕТОДЫ МОНТЕ-КАРЛО В ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКЕ , 105, 461-481.John Wiley & Sons, Inc. doi: 10.1002 / 9780470141649.ch25.

Джонсон, Дж. К. (1999). Молекулярное моделирование для масс. Мир научных вычислений , (47).

Симонян, В.В., Дип П. и Джонсон Дж. К. (1999). Молекулярное моделирование адсорбции водорода заряженными однослойными углеродными нанотрубками. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 111 (21), 9778-9783.AIP Publishing. DOI: 10,1063 / 1,480313.

Wang, Q., & Johnson, J.K. (1999). Компьютерное моделирование адсорбции водорода на графитовых нановолокнах. Журнал физической химии B , 103 (2), 279-281. DOI: 10,1021 / jp9839100.

Ван, К.Y., & Johnson, J.K. (1999). Оптимизация массивов углеродных нанотрубок для адсорбции водорода. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 103 (23), 4809-4813 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / jp92.

Wang, Q.Y., & Johnson, J.K. (1999). Компьютерное моделирование адсорбции водорода на графитовых нановолокнах. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B , 103 (2), 277-281 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / jp9839100.

Ван, К.Y., & Johnson, J.K. (1999). Молекулярное моделирование адсорбции водорода однослойными углеродными нанотрубками и идеализированными щелевыми порами углерода. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 110 (1), 577-586.AIP Publishing. DOI: 10.1063 / 1.478114.

Ван, Q.Y., Чалла, С.Р., Шолл, Д.С., и Джонсон, Дж. К. (1999). Квантовое просеивание углеродных нанотрубок и цеолитов. ПИСЬМА ОБЗОР ФИЗИЧЕСКОГО ОБЗОРА , 82 (5), 956-959 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevLett.82.956.

Боян, М.Дж., Коул, М.В., Джонсон, Дж. К., Стил, В. А., и Ван, К. (1998). Компьютерное моделирование исследований адсорбции простых газов на поверхности щелочных металлов. ЖУРНАЛ ФИЗИКИ НИЗКИХ ТЕМПЕРАТУР , 110 (1-2), 653-658.Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10,1023 / А: 1022548025330.

Дип П., Джордан К. Д., Джонсон Дж. К. и Бекманн Э. Дж. (1998). Взаимодействия CO2-фторуглерод и CO2-углеводород из расчетов из первых принципов. Журнал физической химии А , 102 (12), 2231-2236. DOI: 10,1021 / jp9730306.

Дип П., Джордан К. Д., Джонсон Дж. К. и Бикман Э. Дж. (1998). Взаимодействия CO2-фторуглерод и CO2-углеводород из расчетов из первых принципов. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ A , 102 (12), 2231-2236 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10,1021 / jp9730306.

Джонсон, Дж. Д., Дип, П., Джордан, К.Д., Бекман, Э.Дж. (1998). Так почему же фторуглероды CO2-филогенны? РЕФЕРАТЫ ДОКУМЕНТОВ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА , 215, U195-U196.

Wang, Q., & Johnson, J.K. (1998). Адсорбция водорода в щелевых порах графита. МЕЖДУНАРОДНЫЙ ЖУРНАЛ ТЕРМОФИЗИКИ , 19 (3), 835-844.Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10,1023 / А: 10226

778.

Ван, К.Y., & Johnson, J.K. (1998). Адсорбция водорода на графите и в порах угольных щелей из моделирования интегральных траекторий. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 95 (2), 299-309.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 00268979809483162.

Бротон, Дж. К., Лилл, Дж. В., и Джонсон, Дж. К. (1997). Фазовая диаграмма C-60: полный анализ свободной энергии. PHYSICAL REVIEW B , 55 (5), 2808-2817 Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevB.55.2808.

Бротон, Дж.К., Лилль, Дж. В., и Джонсон, Дж. К. (1997). Сфазовая диаграмма: полный анализ свободной энергии. Physical Review B — Физика конденсированных сред и материалов , 55 (5), 2808-2817. DOI: 10.1103 / PhysRevB.55.2808.

Батлер, К.М., Джонсон, К., Платт, Дж., Кинра, А., и Саксена, Дж. (1997). Автоматическая диагностика при тестировании и анализе отказов. IEEE Design & Test of Computers , 14 (3), 83-89, Институт инженеров по электротехнике и электронике (IEEE).DOI: 10.1109 / 54.606003.

Wang, Q.Y., & Johnson, J.K. (1997). Фазовое равновесие квантовых жидкостей из моделирования: водород и неон. РАВНОВЕСИЕ ФАЗЫ ЖИДКОСТИ , 132 (1-2), 93-116.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / S0378-3812 (97) 00003-4.

Ван, Q.Y., Джонсон, Дж. К., и Бротон, Дж. К. (1997). Интегральный путь великого канонического Монте-Карло. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 107 (13), 5108-5117.Издательство AIP. DOI: 10,1063 / 1,474874.

Джонсон, Дж. К. (1996). Теория возмущений и компьютерное моделирование линейных и кольцевых модельных полимеров. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ , 104 (4), 1729-1742. Издательство АИП. DOI: 10,1063 / 1,470758.

Wang, Q.U., Johnson, J.K., & Broughton, J.Q. (1996). Термодинамические свойства и фазовое равновесие жидкого водорода из моделирования интегралов по траекториям. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 89 (4), 1105-1119.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 002689796173516.

Джонсон, Дж. К. (1995). Молекулярное моделирование фазовых и химических равновесий. Препринт тематической конференции Отделения сепараций Айше , 1.

ДЖОНСОН, Д.К., ДЭВИДСОН, Б.Н., ПЕДЕРСОН, М.Р., И БРАУГТОН, Д.К. (1994). ЭНЕРГЕТИКА И СТРОЕНИЕ ТОРОИДНЫХ ФОРМ УГЛЕРОДА. ФИЗИЧЕСКИЙ ОБЗОР B , 50 (23), 17575-17582.Американское физическое общество (APS). DOI: 10.1103 / PhysRevB.50.17575.

ДЖОНСОН, Дж. К., МЮЛЛЕР, Э. А., И ГАББИНС, К. Э. (1994). УРАВНЕНИЕ СОСТОЯНИЯ ДЛЯ ЦЕПЕЙ ЛЕННАРДА-ДЖОНСА. ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ , 98 (25), 6413-6419 Американское химическое общество (ACS). DOI: 10.1021 / j100076a028.

ДЖОНСОН, Дж. К., ПАНАГИОТОПУЛОС, А. З., И ГУББИНС, К. Э. (1994). РЕАКТИВНЫЙ CANONICAL MONTE-CARLO — НОВАЯ ТЕХНИКА МОДЕЛИРОВАНИЯ РЕАГИРОВАНИЯ ИЛИ СВЯЗИ ЖИДКОСТЕЙ. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 81 (3), 717-733.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 00268979400100481.

ДЖОНСОН, Дж. К., ЦОЛЬВЕГ, Дж. А., & ГАББИНС, К. Э. (1993). ОБНОВЛЕНИЕ УРАВНЕНИЯ ГОСУДАРСТВА ЛЕННАРДА-ДЖОНСА. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 78 (3), 591-618.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 0026897

00411.

ДЖОНСОН, Дж. К., и ГАББИНС, К. Э. (1992). ФАЗОВЫЕ РАВНОВЕСИЯ ДЛЯ СВЯЗИ ЖИДКОСТЕЙ ЛЕННАРДА-ДЖОНСА ИЗ ТЕОРИИ И МОДЕЛИРОВАНИЯ. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА , 77 (6), 1033-1053.Informa UK Limited. DOI: 10.1080 / 0026897

02981.

Горонкин, Х., Тегерани, С., Реммель, Т., Фейес, П.Л., и Джонстон, К.Дж. (1989). Проникновение омического контакта в полевые транзисторы GaAs / AlGaAs и GaAs. Транзакции IEEE на электронных устройствах , 36 (2), 281-288, Институт инженеров по электротехнике и электронике (IEEE). DOI: 10.1109 / 16.19927.

ДЖОНСОН, Дж.К. и Роули Р.Л. (1989). ПРОГНОЗ РАВНОВЕСИЯ ЖИДКОСТИ ПАРА В БИНАРНЫХ СМЕСЯХ, СОДЕРЖАЩИХ ПОЛЯРНЫЕ КОМПОНЕНТЫ, ПО РАСШИРЕННОЙ МЕТОДЕ LEE-KESLER CORRESPONDING-STATES. РАВНОВЕСИЕ ФАЗЫ ЖИДКОСТИ , 44 (3), 255-272.Elsevier BV. DOI: 10.1016 / 0378-3812 (89) 80056-1.

ДЖОНСОН, Дж. К., & Роули, Р. Л. (1989). ПРИМЕНЕНИЕ РАСШИРЕННОГО МЕТОДА LEE-KESLER CORRESPONDING-STATES ДЛЯ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РАВНОВЕСИЯ ЖИДКОГО ПАРА В МНОГОКОМПОНЕНТНЫХ СМЕСЯХ, СОДЕРЖАЩИХ ПОЛЯРНЫЕ КОМПОНЕНТЫ. МЕЖДУНАРОДНЫЙ ЖУРНАЛ ТЕРМОФИЗИКИ , 10 (2), 479-492.Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10.1007 / BF01133544.

ВИЛДИНГ, У.В., ДЖОНСОН, Дж. К., & Роули, Р. Л. (1987). ТЕРМОДИНАМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА И ДАВЛЕНИЯ ПАРОВ ПОЛЯРНЫХ ЖИДКОСТЕЙ ИЗ 4-ПАРАМЕТРНОГО МЕТОДА СООТВЕТСТВУЮЩИХ СОСТОЯНИЙ. МЕЖДУНАРОДНЫЙ ЖУРНАЛ ТЕРМОФИЗИКИ , 8 (6), 717-735.Springer Science and Business Media LLC. DOI: 10.1007 / BF00500790.

Джонсон, Дж.К., и Йе, Дж. Дизайн стратифицированных функциональных нанопористых материалов для улавливания и преобразования CO 2 . Управление научно-технической информации (ОНТИ). DOI: 10,2172 / 1396051.

Одновременная обработка и деградация митохондриальных РНК, выявленная с помощью секвенирования циркуляризованной РНК | Исследование нуклеиновых кислот

Аннотация

Митохондриальные РНК млекопитающих уникальны, поскольку они происходят из первичных транскриптов, которые охватывают почти весь митохондриальный геном.Это требует обширной обработки для высвобождения отдельных мРНК, рРНК и тРНК, необходимых для экспрессии генов. Недавние исследования выявили многие белки, необходимые для процессинга митохондриальной РНК, однако быстрый оборот РНК-предшественников сделал невозможным анализ их состава и иерархии процессинга. Здесь мы обнаруживаем, что циркуляризация РНК перед глубоким секвенированием позволяет обнаруживать и характеризовать необработанные РНК. Используя этот подход, мы определяем наиболее стабильные промежуточные продукты переработки и наличие промежуточных продуктов переработки, которые частично разложены и полиаденилированы.Анализ библиотек, созданных с использованием РНК мышей, лишенных нуклеазной субъединицы митохондриальной РНКазы P, выявляет идентичность остановившихся промежуточных продуктов процессинга, порядок их расщепления и подтверждает важность РНКазы P в создании зрелых митохондриальных РНК. Использование циркуляризации РНК до подготовки библиотеки должно обеспечить общий полезный подход к изучению процессинга РНК во многих различных биологических системах.

ВВЕДЕНИЕ

На пути от гена к белку было идентифицировано множество различных форм регуляции, которые могут контролировать конечные количества отдельных продуцируемых белков.У прокариот регуляция происходит преимущественно на уровне транскрипции, тогда как у эукариот посттранскрипционная регуляция более распространена, однако она может сильно варьироваться от организма к организму. В некоторых необычных системах отсутствие регуляции на уровне транскрипции сделало необходимым развитие механизмов для мощной посттранскрипционной модуляции продукции различных белков. Например, в кинетопластиде РНК-полимераза II почти полностью не регулируется и продуцирует обширные участки РНК, часто охватывающие сотни килобаз геномной последовательности и множество различных генов (1).Чтобы получить правильные соотношения этих различных белков, кинетопластида использует сложную сеть РНК-связывающих белков для изменения стабильности каждой отдельной мРНК, что в настоящее время достаточно хорошо изучено (2). Аналогичная ситуация имеет место в митохондриях млекопитающих, где обе цепи митохондриального генома транскрибируются как две длинные полицистронные РНК, охватывающие всю последовательность генома (3,4). Однако в этом случае мы только сейчас начинаем понимать механизмы, контролирующие уровни отдельных митохондриальных белков (4–6).

Когда последовательность митохондриального генома была впервые выяснена, было обнаружено, что гены, кодирующие отдельные митохондриальные рРНК и мРНК, почти всегда были разделены генами тРНК (7). Это привело к предположению, что отщепление этих тРНК от транскриптов РНК-предшественников позволит получить полный набор индивидуальных РНК, необходимых для экспрессии митохондриальных генов (известный как «модель пунктуации тРНК») (8). Расщепление митохондриальных тРНК осуществляется белковой РНКазой P (состоящей из белков митохондриальной РНКазы P 1, 2 и 3; кодируется генами MRPP1, MRPP2 и MRPP3 ) на их 5΄ концах и митохондриальной РНКазой Z (кодируется геном ELAC2 ) на их 3΄ концах (9–11).Было показано, что отщепление тРНК от длинных РНК-предшественников важно для продукции зрелых тРНК, а также мРНК (10,11), рРНК и некодирующих РНК и, следовательно, созревания РНК, сборки рибосом и синтеза белка (11, 12). Чтобы лучше понять важность процессинга РНК в экспрессии митохондриальных генов, мы ранее объединили нокдаун или нокаут компонентов аппарата процессинга РНК с секвенированием РНК (RNA-Seq) и параллельным анализом концов РНК (PARE) (11-13).Эти подходы многое показали относительно роли различных белков в этих процессах, но могут быть ограничены короткими длинами считывания, производимыми современными платформами глубокого секвенирования. Из-за этой особенности современные подходы к анализу РНК путем глубокого секвенирования включают этап фрагментации РНК для получения последовательностей управляемой длины, однако это исключает информацию о точной длине и составе исходных более длинных РНК. Чтобы обойти это ограничение, мы объединили отдельные молекулы РНК до создания библиотеки, чтобы сохранить идентичность их 5΄ и 3΄ концов в окончательных данных секвенирования.Циркуляризация РНК с последующим глубоким секвенированием использовалась для изучения мутаций вирусных РНК (CirSeq) (14) и для захвата малых фрагментов РНК с низким содержанием (RC-Seq) (15), но ранее не использовалась для изучить процессинг РНК. Используя этот подход, мы идентифицируем редкие промежуточные продукты процессинга в нормальных митохондриях и остановленные промежуточные продукты, образующиеся при потере функции митохондриальной РНКазы P.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Животные и жилище

Mrpp3 трансгенных мышей на фоне C57BL / 6N были созданы Taconic (Кельн, Германия).Мышей с нокаутом, специфичным для сердца и скелетных мышц, получали путем скрещивания мышей Mrpp3 loxP / loxP с трансгенными мышами, экспрессирующими Cre под контролем промотора мышечной креатининкиназы ( Ckmm-cre ). Двойные гетерозиготные мыши ( Mrpp3, loxP / + , + / Ckmm-cre ) были скрещены с мышами Mrpp3, , loxP / loxP , , чтобы получить сердечно-специфический нокаут ( Mrpp3 loxP / loxP , cre ) и контрольных мышей ( Mrpp3 loxP / loxP ).Мышей содержали в стандартных клетках (45 см × 29 см × 12 см) при 12-часовом графике свет / темнота (свет с 7:00 до 19:00) в контролируемых условиях окружающей среды при 22 ± 2 ° C и 50 + 10% относительных. влажность и нормальная диета (Rat & Mouse Chow, Specialty Foods, Glen Forrest, Western Australia) и вода были обеспечены ad libitum . Исследование было одобрено Комитетом по этике животных UWA и проводилось в соответствии с Принципами лабораторной помощи (Австралийский кодекс NHMRC по уходу и использованию животных в научных целях, 8-е издание, 2013 г.).

Выделение митохондрий

Митохондрии были выделены из гомогенизированных сердец и очищены дифференциальным центрифугированием, как описано ранее (12,16) с некоторыми модификациями. Сердца вырезали и промывали трижды ледяным PBS и один раз буфером для выделения митохондрий (MIB), содержащим 310 мМ сахарозы, 10 мМ трис-HCl и 0,05% BSA (мас. / Об.), Центрифугированием при 4500 g в течение 1 мин. при 4 ° C. Кусочки сердца гомогенизировали в 5 мл свежего MIB, используя пестик Potter S.Гомогенат центрифугировали при 1000 g в течение 10 минут при 4 ° C, а супернатант центрифугировали при 4500 g в течение 15 минут при 4 ° C для выделения митохондрий.

Выделение РНК и Нозерн-блоттинг

РНК выделяли из всего сердца или митохондрий сердца с использованием набора miRNeasy Mini (Qiagen), включающего расщепление ДНКазой на колонке без РНКазы для удаления всей ДНК. Для исследований мРНК mt-Co3 , расщепление терминаторной 5΄-фосфат-зависимой экзонуклеазой выполняли с использованием 2.5 мкг РНК, как рекомендовано производителем (Epicenter), используя либо реакционный буфер высокой активности (реакционный буфер A), либо реакционный буфер высокой специфичности (реакционный буфер B). Для нозерн-блоттинга РНК (8 мкг) разделяли на 1,2% агарозоформальдегидных гелях, затем переносили на 0,45 мкм нитроцеллюлозную мембрану Hybond-N + (GE Lifesciences) и гибридизовали с биотинилированными олигонуклеотидными зондами, специфичными для митохондриальных РНК мыши. Гибридизацию проводили в течение ночи при 50 ° C в 5 × SSC, 20 мМ Na 2 HPO 4 , 7% SDS и 100 мкг.мл -1 гепарина с последующей промывкой. Сигнал детектировали с использованием либо стрептавидин-связанной пероксидазы хрена, либо стрептавидин-связанного инфракрасного меченного антитела (разведенного 1: 2000 в 3 × SSC, 5% SDS, 25 мМ Na 2 HPO 4 , pH 7,5) с помощью усиленной хемилюминесценции. (GE Lifesciences) или с помощью системы инфракрасной визуализации Odyssey (Li-Cor) соответственно.

Препарат библиотеки циркуляризованной РНК

Библиотеки были подготовлены на основе методов Чу и др. .(15). Циркуляризацию РНК проводили с 5 или 25 ед / мкл оцДНК-лигазы CircLigase II (Epicenter) в 1 × реакционном буфере (Epicenter) с 2,5 мМ MnCl 2 и 1 М бетаином при 60 ° C в течение 1 часа. Чтобы удалить оставшуюся линейную РНК, проводили расщепление РНКазой R при 37 ° C в течение 10 мин (1 Ед / мкл, Epicenter). После переваривания циркуляризованную РНК очищали с использованием колонок Oligo Clean & Concentrator, следуя инструкциям производителя (Zymo). РНК подвергали обратной транскрипции с помощью следующего праймера: 5΄-GACGTGTGCTCTTCCGATCTNNNNNN-3΄ с использованием Superscript II в соответствии с инструкциями производителя (Invitrogen, Thermo Fisher Scientific).РНК гидролизовали 0,1 М КОН и нагревали при 95 ° C в течение 15 мин, затем реакционные смеси охлаждали до комнатной температуры и нейтрализовали добавлением HCl до 0,1 М. кДНК очищали с помощью колонок DNA Clean & Concentrator и дополняли ДНК-полимеразой Кленова I. (NEB) с использованием следующего праймера: 5΄-ACACGACGCTCTTCCGATCTNNNNNNNN-Phos-3΄ в буфере 2 (NEB) с 4 мМ DTT при 25 ° C в течение 15 минут, а затем при 95 ° C в течение 3 минут для дезактивации фермента. Меченую кДНК очищали на колонках DNA Clean & Concentrator (Zymo) и амплифицировали с использованием системы Failsafe PCR (Premix E, Epicenter) с использованием следующего прямого праймера: 5΄-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACACGACGACGACGACGCTCTTCCGATCT-3΄ и одного обратного праймера. , индексированный последовательность показана жирным шрифтом): 5-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CGTGAT GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3, 5-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT ACATCG GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3, 5-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT GCCTAA GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3, 5-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT TGGTCA GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3΄, 5΄-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CACTGT GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCTGATT-3΄ или 5΄GGGACGACCAGCACTCCTCCGATCT-3΄ или 5GGGACGACCAGCACCAGGACCAGGACCAGGACCAGGACCAGGACCAGGACCAGGACCAGGACCAGCACCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGACCAGGACCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAGCAGРеакционные смеси нагревали при 95 ° C в течение 1 минуты, затем следовали 18 циклов при 95 ° C в течение 30 секунд, 55 ° C в течение 30 секунд и 68 ° C в течение 3 минут с заключительной стадией продления при 68 ° C в течение 7 минут. Продукты ПЦР очищали с использованием магнитных шариков Agencourt AMPure XP при объемном соотношении 1: 1. Распределение размеров библиотеки анализировали с помощью анализа ленты D1000 ScreenTape (Agilent), а затем количественно оценивали с помощью qPCR.

Секвенирование и первичная обработка данных

Секвенирование каждой библиотеки выполняли на Illumina MiSeq с использованием стандартных праймеров для секвенирования Illumina: HP10 read 1, HP12 i7 index seq primer, HP11 read 2.Секвенирование было выполнено для генерирования считываний парных концов 250 п.н., и 0,5% контрольной библиотеки PhiX (Illumina) было добавлено для цикла секвенирования. Обрезка адаптера была выполнена с использованием программного обеспечения cutadapt (17) с минимальной длиной, установленной на 20 нт, и обрезанные считывания на концах пары были объединены с помощью FLASH (18). Минимальная длина перекрытия между двумя считываниями была оставлена ​​по умолчанию (10 нт), максимальная — 245 нт. Результатом программы было три файла, один из которых содержал операции чтения, которые были объединены в одну длинную последовательность (объединенные чтения), а оставшиеся два файла содержали первое и второе чтения, которые не были объединены (неслияние операций чтения).Файл, содержащий объединенные чтения, и файл, содержащий первое чтение, которое не было объединено FLASH, использовались для дальнейшего анализа для каждой из реплик (18). Затем мы идентифицировали повторяющиеся последовательности в пределах чтения, применив программное обеспечение Tandem Repeats Finder (TRF) ко всем файлам (19). Выходной файл TRF был преобразован из формата файла dat в формат fastq.

Выравнивание генома

Выравнивание по митохондриальному геному мыши выполняли с помощью bowtie2 (20).Для выравнивания использовался режим мягкого отсечения, оставшиеся невыровненные части были извлечены на основе информации поля CIGAR из выравнивания (21). Поскольку меньшие РНК, такие как тРНК, присутствуют во множестве тандемных повторов, из-за режима катящегося круга обратной транскрипции циркуляризованных РНК мы часто наблюдаем более двух их копий. Для удобства разделенные части каждого чтения называются «левая», «средняя» и «правая». Полученные «левая» и «правая» части были снова выровнены с митохондриальным геномом мыши, но на этот раз с использованием сквозного режима (20).После того, как все эти шаги были выполнены для объединенного и не объединенного чтения, окончательные выровненные наборы данных, включая реплики, были объединены для анализа. Сгенерированные файлы для нокаутов Mrpp3 («KO») и сопоставленного контроля дикого типа («WT») «левый», «средний», «правый» были использованы для дальнейшего анализа. Покрытие визуализировали с помощью Integrative Genomics Viewer (IGV) (22,23).

Картирование концов РНК-предшественников

Объединенный файл использовался для идентификации частей продукта промежуточной обработки.Поскольку разделенные части чтения, исходящие из одного и того же чтения, имеют один и тот же идентификатор, чтения с разделенным отображением можно идентифицировать. Следовательно, если часть считывания сопоставлена ​​с другой частью генома, ее можно представить в виде ссылки и визуализировать с помощью программного обеспечения Circos (24). Для каждой ссылки средняя часть чтения использовалась для построения линии, которая соединяется с правой или левой частью чтения. Тем самым находим начало и конец каждого промежуточного продукта обработки. Для расчета логарифмического кратного изменения (log2FC) покрытие объединенных данных было обнаружено BEDtools genomecov (25) и нормализовано к общему количеству считываний, отображенных в митохондриальном геноме (количество на миллион; CPM).Промежуточные шаги были выполнены с использованием Python v2.7.6 (получено с https://docs.python.org/2.7/) и R v3.3.1 (получено с https://www.R-project.org/).

Биоинформатический анализ малых РНК

малых РНК в кольцевых библиотеках секвенирования РНК были извлечены из повторяющихся последовательностей в пределах считываний, идентифицированных Tandem Repeats Finder (TRF) (19). Для сравнения были сконструированы библиотеки секвенирования малых РНК и секвенированы из митохондрий сердца дикого типа и Mrpp3 с нокаутом с использованием стандартных методологий Illumina.Последовательные чтения были обрезаны адаптеров с cutadapt (17) с минимальной длиной 15 нт. Обрезанные считывания были сопоставлены с bowtie2 (20) с эталонной последовательностью генома мыши (mm10), которая была замаскирована для областей NUMT, как определено треком UCSC mm9 numtS, с координатами, преобразованными в mm10 с помощью UCSC liftOver. Выравнивания были отфильтрованы, чтобы удалить истинные многопоточности (MAPQ> = 2), и покрытие было рассчитано с помощью BEDtools (25), нормализовано к общему количеству считываний, сопоставленных с chrM. Cutadapt использовался для идентификации чтений с 3΄-CCA (-a CCA $ -e 0.0 -O 3 -n 1) или поли (A) (-a A {20} -e 0,0 -O 3 -n 1) последовательности длиной не менее 3 и их уникальные идентификаторы чтения были извлечены. Выравнивания были отфильтрованы с помощью BEDtools Intercept для извлечения считываний, которые перекрывают области тРНК не менее чем на 80%, с учетом 3΄ удлинений (-s -f 0,8), или считываний, которые полностью перекрывают области рРНК и мРНК, за исключением истинных 3΄ поли (A ) хвосты (-s -f 1.0). Выравнивания с перекрытием тРНК, рРНК и мРНК фильтровали с помощью инструментов Picard с использованием списков идентификаторов чтения -CCA и -polyA для извлечения выровненных по тРНК считываний с 3΄ -CCA-концами и выровненных по рРНК и мРНК полиаденилированных считываний, исключая канонический 3΄ poly (A) хвост.Для каждого образца рассчитывали охват общего и выровненного по 3′-CCA тРНК считывания на 3′-концевом нуклеотиде и рассчитывали их соотношение. Аналогичным образом рассчитывали охват общего и выровненного по поли (А) рРНК и мРНК считываний.

Быстрая амплификация концов кДНК (RACE)

5′-концы РНК, экстрагированной из сердец дикого типа и Mrpp3. нокаутных сердец были захвачены с использованием набора RLM-RACE (Ambion, Thermo Fisher Scientific) в соответствии с рекомендациями производителя, за исключением щелочной фосфатазы кишечника теленка и кислой пирофосфатазы табака. лечение не проводилось, так как митохондриальные РНК не кэпированы.Следующие ген-специфические праймеры использовали для идентификации 5′-концов mt-Co1 : 5΄-GTACCCACTATTCCCGCTCA-3΄, 5΄-TATTCCCGCTCAGGCTCCGAATAG-3΄. 3′-концы специфических РНК были захвачены с использованием анализа RT-PCR с направленной меткой РНК Lapointe et al . (26), за исключением того, что обработка нуклеазой терминатор была опущена, поскольку митохондриальные РНК не кэпированы, и вместо «праймера U-select» использовались универсальные или поли (A) -специфические якорные праймеры, поскольку поли (U) полимераза присутствовала в наших образцах.Следующие ген-специфические праймеры использовали для идентификации 3΄ концов промежуточных продуктов процессинга, содержащих mt-Co1 : 5΄-CACATTCGAGGAACCAACCT-3΄, 5΄-GGTTTCAAGCCAATCTCATATCCTATATG-3΄.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Циркуляризованная РНК секвенирование митохондриальных РНК

Чтобы обойти проблемы, связанные с текущими технологиями RNA-Seq, мы черпали вдохновение из методов подготовки библиотеки РНК Chu et al .(15) и Асеведо и др. . (14), где РНК циркулирует до обратной транскрипции. Внутримолекулярное лигирование РНК намного эффективнее, чем использование небольших олигонуклеотидных адаптеров (15). Кроме того, для изучения состава длинных РНК это дает уникальное преимущество, поскольку 5΄ и 3΄ концы каждой отдельной РНК соединены вместе, сохраняя эту информацию в последующих данных глубокого секвенирования. Мы изолировали митохондрии из сердец мышей, используя субклеточное фракционирование путем дифференциального центрифугирования, для обогащения митохондриальной РНК.Внутримолекулярное лигирование очищенной РНК было достигнуто с использованием термостабильной одноцепочечной лигазы, специфичной для нуклеиновых кислот (CircLigase II). Из-за его термостабильности реакции лигирования можно проводить при 60 ° C, чтобы снизить вероятность того, что вторичная структура РНК смещает эффективность лигирования различных РНК. Удобно, что CircLigase II катализирует только лигирование нуклеиновых кислот, несущих 5΄-фосфатную и 3΄-гидроксильную группы, что, как полагают, является характеристикой всех митохондриальных РНК млекопитающих (4,27).После лигирования любая оставшаяся линейная РНК расщеплялась с использованием РНКазы R, а кольцевые РНК подвергались обратной транскрипции с использованием случайных праймеров. Затем кДНК сделали двухцепочечной с использованием ДНК-полимеразы Кленова и амплифицировали с помощью ограниченной ПЦР. Праймеры были разработаны для включения последовательностей праймеров для секвенирования Illumina, обеспечивающих их последующее глубокое секвенирование (рис. 1).

Рисунок 1.

Схема, иллюстрирующая подготовку и анализ кольцевых библиотек РНК.Очищенную РНК обрабатывали термостабильной одноцепочечной лигазой, специфичной для нуклеиновой кислоты (CircLigase II), для достижения внутримолекулярного лигирования отдельных молекул. После лигирования любая оставшаяся линейная РНК расщеплялась с использованием РНКазы R, а кольцевые РНК подвергались обратной транскрипции с использованием случайных праймеров, включающих последовательность адаптера для последующего секвенирования. Вторую последовательность адаптера добавляли путем удлинения кДНК с использованием олигонуклеотида с блокированным 3′-концом в качестве матрицы. Затем кДНК амплифицировали с помощью ограниченной ПЦР.Праймеры были разработаны для включения последовательностей для последующего глубокого секвенирования.

Рисунок 1.

Схема, иллюстрирующая подготовку и анализ кольцевых библиотек РНК. Очищенную РНК обрабатывали термостабильной одноцепочечной лигазой, специфичной для нуклеиновой кислоты (CircLigase II), для достижения внутримолекулярного лигирования отдельных молекул. После лигирования любая оставшаяся линейная РНК расщеплялась с использованием РНКазы R, а кольцевые РНК подвергались обратной транскрипции с использованием случайных праймеров, включающих последовательность адаптера для последующего секвенирования.Вторую последовательность адаптера добавляли путем удлинения кДНК с использованием олигонуклеотида с блокированным 3′-концом в качестве матрицы. Затем кДНК амплифицировали с помощью ограниченной ПЦР. Праймеры были разработаны для включения последовательностей для последующего глубокого секвенирования.

Вычислительный анализ библиотек секвенирования кольцевой РНК

Поскольку кольцевые РНК подвергаются обратной транскрипции с помощью амплификации с вращающимся кругом, считывание секвенирования может включать прямые повторы более коротких последовательностей РНК.Поэтому мы идентифицировали повторяющиеся последовательности в пределах чтения и свернули их в единую родительскую последовательность, если это необходимо (15,19). Кроме того, поскольку кольцевые РНК могут вызывать считывания, которые соединяют 5΄ и 3΄ концы РНК, мы использовали подход мягкого отсечения и сквозного режима для выравнивания считываний с митохондриальным геномом мыши (20). Мы сохранили наилучшие совпадения выравнивания для каждой области чтения и их положения выравнивания, чтобы обеспечить последующий анализ чтения одиночного и разделенного отображения.

Оптимизация библиотеки и анализ потенциальных смещений

Циркуляризация входной РНК может внести потенциальные ошибки в конечные библиотеки секвенирования, например, эта реакция может в принципе способствовать циркуляризации меньших РНК.Чтобы изучить этот феномен, мы создали библиотеку, в которой входная РНК была лигирована с более высокой концентрацией CircLigase II. Мы обнаружили, что эта вариация не изменила распределение считываний, покрывающих митохондриальный геном, что указывает на то, что смещение лигирования, основанное на длине входных РНК, не привело к значительному изменению библиотек, полученных при этом подходе (рисунок 2), однако мы отмечаем, что на основе биофизические принципы, согласно которым лигирование более длинных РНК, вероятно, будет менее эффективным и может снизить охват очень длинных РНК.Кроме того, мы не исследовали влияние последовательностей адаптеров, включенных в наши адаптеры, которые были необходимы для последующего глубокого секвенирования. Тем не менее, предыдущая работа Чу и др. . (15) показали, что не было систематической ошибки последовательности, присущей лигированию с помощью CircLigase II. Важно отметить, что сравнение охвата, полученного с помощью секвенирования кольцевой РНК, с данными RNA-Seq (12) показало, что было более равномерное покрытие при секвенировании кольцевой РНК с лучшим представлением областей митохондриального генома, которые включают рРНК и тРНК (рисунок 2).

Рисунок 2.

Анализ охвата библиотек, полученных с помощью кольцевого секвенирования РНК, по сравнению со стандартной RNA-Seq. Митохондриальный геном разделен на область, содержащую рРНК ( A ) и мРНК ( B ). Покрытие показано темно-серым цветом для РНК, кодируемых тяжелой цепью, и светло-серым цветом для транскриптов, кодируемых легкой цепью. Отношение охвата от секвенирования циркуляризованной РНК по сравнению с RNA-Seq показано как log 2 -кратное изменение с областями повышенного охвата, выделенными красным, и пониженного охвата синим цветом.Расположение генов показано на центральной схеме, где гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, а тРНК — серым. Для ясности в названии каждого гена опущен префикс «mt-».

Рисунок 2.

Анализ охвата библиотек, полученных с помощью кольцевого секвенирования РНК, по сравнению со стандартной RNA-Seq. Митохондриальный геном разделен на область, содержащую рРНК ( A ) и мРНК ( B ). Покрытие показано темно-серым цветом для РНК, кодируемых тяжелой цепью, и светло-серым цветом для транскриптов, кодируемых легкой цепью.Отношение охвата от секвенирования циркуляризованной РНК по сравнению с RNA-Seq показано как log 2 -кратное изменение с областями повышенного охвата, выделенными красным, и пониженного охвата синим цветом. Расположение генов показано на центральной схеме, где гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, а тРНК — серым. Для ясности в названии каждого гена опущен префикс «mt-».

Идентификация частично процессированных митохондриальных РНК

Мы использовали чтение разделенного картирования из наших кольцевых библиотек секвенирования РНК, чтобы обнаружить концы промежуточных продуктов процессинга митохондриальных РНК в нормальных митохондриях сердца мыши.Они составляли 1,7% от общего количества последовательностей митохондриальной РНК, однако это, вероятно, недооценивает обилие этих транскриптов, поскольку многие считывания однократного картирования могли быть произведены из необработанных РНК или промежуточных продуктов процессинга, где считывания не перекрывали свои 5΄ и 3΄ концы. Визуализация распределения этих РНК выявила наиболее часто встречающиеся промежуточные продукты (рис. 3А). В митохондриях дикого типа мы обнаружили очень мало промежуточных продуктов процессинга, проходящих через кластер тРНК, который включает mt-Th, mt-Ts2 и mt-Tl2 , что указывает на то, что расщепление по этим тРНК происходит наиболее быстро.Сосредоточение внимания на частично обработанных считываниях, которые включают 12S рРНК, также легко выявило частое расщепление в кластере mt-Th / mt-Ts2 / mt-Tl2 (рис. 3В). Чтобы изучить наиболее распространенные частично процессированные формы отдельных интересующих РНК, мы создали карты, иллюстрирующие положения картирования считываний внутри этих РНК и в другом месте митохондриального генома (Рисунки 4-7). Эти карты показывают промежуточные соединения, которые возникают при генерации этих транскриптов. Распределение предшественников было хорошо воспроизводимым между библиотеками, полученными из трех независимых мышей (дополнительный рисунок S1).Преобладающие концы транскриптов обычно были идиосинкразическими по отношению к отдельным РНК, и конкретные примеры обсуждаются ниже.

Рисунок 3.

Анализ частично обработанных транскриптов в библиотеках, полученных с помощью кольцевого секвенирования РНК. Обилие считываний, которые сопоставляются между несколькими генами, показаны в митохондриальном геноме как в митохондриях мыши дикого типа, так и в митохондриях с нокаутом Mrpp3 ( A ). Логарифм 2 кратное изменение (log 2 FC) выделяет частично обработанные области, которые обогащены в отсутствие MRPP3, с областями повышенного покрытия красным цветом и уменьшенным покрытием синим цветом.Частично процессированные транскрипты, содержащие 12S рРНК, показаны в ( B ), а область, содержащая mt-Th, mt-Ts2 и mt-Tl2 , выделена пунктирными линиями. Расположение генов показано на схеме, где гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым цветом, а тРНК — серым.

Рисунок 3.

Анализ частично обработанных транскриптов в библиотеках, полученных с помощью кольцевого секвенирования РНК. Обилие считываний, которые сопоставляются между несколькими генами, показаны в митохондриальном геноме как в митохондриях мыши дикого типа, так и в митохондриях с нокаутом Mrpp3 ( A ).Логарифм 2 кратное изменение (log 2 FC) выделяет частично обработанные области, которые обогащены в отсутствие MRPP3, с областями повышенного покрытия красным цветом и уменьшенным покрытием синим цветом. Частично процессированные транскрипты, содержащие 12S рРНК, показаны в ( B ), а область, содержащая mt-Th, mt-Ts2 и mt-Tl2 , выделена пунктирными линиями. Расположение генов показано на схеме, где гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым цветом, а тРНК — серым.

Рисунок 4.

Анализ частично обработанных транскриптов, содержащих mt-Atp8 / 6 . ( A ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК мыши дикого типа. Картирование считываний между mt-Atp8 / 6 и другими митохондриальными РНК проиллюстрировано линиями между положениями нуклеотидов 5΄ и 3΄. Расположение генов показано на схеме, где гены тяжелой цепи показаны во внешнем кольце, а гены легкой цепи — во внутреннем кольце.Гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, тРНК серым, некодирующая D-петля — белым, а интересующая мРНК, mt-Atp8 / 6 , показана оранжевым. ( B ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК от мышей с нокаутом Mrpp3 . ( C ) Данные секвенирования циркуляризованной РНК, иллюстрирующие увеличение охвата необработанных транскриптов, содержащих mt-Atp8 / 6 в отсутствие MRPP3. ( D ) Данные PARE, иллюстрирующие сокращение 5΄ и 3΄ обработки mt-Tk в отсутствие MRPP3.( E ) Нозерн-блоттинг сердечной РНК от мышей дикого типа и мышей с нокаутом Mrpp3 с использованием зонда, специфичного для mt-Atp8 / 6 . ( F ) Картирование 5′-концов считываний с геномной областью, содержащей 5′-конец mt-Co3 , показано на основе данных секвенирования кольцевой РНК и данных PARE. Предполагаемое конечное положение 5΄ mt-Co3 выделено красным цветом в данных, а мРНК mt-Co3 выделена оранжевым на схеме. ( G ) 5′-фосфат-зависимую экзонуклеазу (терминаторную экзонуклеазу) использовали для переваривания выделенной митохондриальной РНК мыши с использованием либо реакционного буфера высокой специфичности (полоса обозначена знаком +), либо буфера реакции высокой активности (полоса обозначена знаком + +).Впоследствии специфические РНК были обнаружены с помощью нозерн-блоттинга.

Рисунок 4.

Анализ частично процессированных транскриптов, содержащих mt-Atp8 / 6 . ( A ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК мыши дикого типа. Картирование считываний между mt-Atp8 / 6 и другими митохондриальными РНК проиллюстрировано линиями между положениями нуклеотидов 5΄ и 3΄. Расположение генов показано на схеме, где гены тяжелой цепи показаны во внешнем кольце, а гены легкой цепи — во внутреннем кольце.Гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, тРНК серым, некодирующая D-петля — белым, а интересующая мРНК, mt-Atp8 / 6 , показана оранжевым. ( B ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК от мышей с нокаутом Mrpp3 . ( C ) Данные секвенирования циркуляризованной РНК, иллюстрирующие увеличение охвата необработанных транскриптов, содержащих mt-Atp8 / 6 в отсутствие MRPP3. ( D ) Данные PARE, иллюстрирующие сокращение 5΄ и 3΄ обработки mt-Tk в отсутствие MRPP3.( E ) Нозерн-блоттинг сердечной РНК от мышей дикого типа и мышей с нокаутом Mrpp3 с использованием зонда, специфичного для mt-Atp8 / 6 . ( F ) Картирование 5′-концов считываний с геномной областью, содержащей 5′-конец mt-Co3 , показано на основе данных секвенирования кольцевой РНК и данных PARE. Предполагаемое конечное положение 5΄ mt-Co3 выделено красным цветом в данных, а мРНК mt-Co3 выделена оранжевым на схеме. ( G ) 5′-фосфат-зависимую экзонуклеазу (терминаторную экзонуклеазу) использовали для переваривания выделенной митохондриальной РНК мыши с использованием либо реакционного буфера высокой специфичности (полоса обозначена знаком +), либо буфера реакции высокой активности (полоса обозначена знаком + +).Впоследствии специфические РНК были обнаружены с помощью нозерн-блоттинга.

Накопление частично процессированных митохондриальных РНК в отсутствие MRPP3

Ранее мы показали, что тканеспецифическая делеция гена Mrpp3 у мышей, кодирующего одну из трех субъединиц митохондриальной РНКазы P, приводит к серьезному дефекту процессинга РНК и накоплению РНК, представляющих промежуточные продукты процессинга (12), однако точный состав этих РНК был неизвестен.Мы произвели циркуляризованные библиотеки секвенирования РНК из митохондрий, выделенных из трех независимых Mrpp3 сердец, и опросили их на предмет частично обработанных транскриптов, используя методы анализа, описанные выше. Количество промежуточных продуктов процессинга РНК в библиотеках, сделанных из нокаутированных по Mrpp3 митохондрий, было вдвое больше, чем обнаружено в митохондриях дикого типа. Наиболее значительные изменения наблюдались в областях РНК, содержащих тРНК (рис. 3А). Сравнение с нашими предыдущими данными о сайтах процессинга РНКазы P, полученными с помощью параллельного анализа концов РНК (PARE) (12), показало хорошее совпадение в сайтах, которые больше всего пострадали от потери MRPP3, таких как mt-Tf, mt-Tv и кластер mt-Th / mt-Ts2 / mt-Tl2 .Изучение карт промежуточных продуктов процессинга РНК выявило идентичность остановившихся промежуточных продуктов и сайтов, которым требуется РНКаза P для их процессинга, и конкретные примеры обсуждаются ниже.

Частично процессированные транскрипты, содержащие

mt-Atp8 / 6

Транскрипт mt-Atp8 / 6 является одной из двух бицистронных мРНК, обнаруженных в митохондриях млекопитающих. Этот транскрипт фланкирован на своем 5′-конце mt-Tk , кодирующим тРНК Lys , однако это необычно, поскольку на его 3′-конце отсутствует тРНК, но, тем не менее, он расщепляется перед следующей мРНК mt-Co3 .У мышей дикого типа мы наблюдали считывания, которые картировались как с mt-Atp8 / 6 , так и с mt-Co3 , что указывает на то, что неканоническое расщепление между этими РНК неэффективно по сравнению с процессингом между mt-Tk и mt-Atp8. / 6 . Долгоживущий транскрипт mt-Atp8 / 6-mt-Co3 ранее наблюдался у людей (28), и мы также можем обнаружить этот транскрипт с помощью нозерн-блоттинга мышиной РНК дикого типа (рис. 4E), подтверждая неэффективность расщепление между mt-Atp8 / 6 и mt-Co3 РНК.У мышей дикого типа мы не наблюдали картирования каких-либо промежуточных продуктов процессинга РНК между mt-Atp8 / 6 и mt-Co2 (рис. 4A), однако у мышей с нокаутом MRPP3 30% частично процессированных РНК были сопоставлены с mt- Co2 (Рисунок 4B). Это было подтверждено исследованием охвата частично обработанных транскриптов и кратного изменения охвата между библиотеками дикого типа и нокаутом Mrpp3 (рис. 4C). Расщепление 3′-концов митохондриальных тРНК часто требует предварительного расщепления на их 5′-концах.Изучение ранее опубликованных параллельных анализов концов РНК (PARE) у мышей с нокаутом Mrpp3 показывает, что потеря MRPP3 приводит к полной потере процессинга на 5′-конце mt-Tk , однако расщепление на его 3′-конце только слегка уменьшено (рис. 4D). Следовательно, дефектное расщепление на 5′-конце mt-Atp8 / 6 приводит к накоплению частично процессированных РНК, наблюдаемых с помощью нозерн-блоттинга в отсутствие MRPP3 (фиг. 4E).

Интересно, что мы наблюдали, что многие 5΄- и 3΄-концы попали в открытые рамки считывания mt-Co2 и mt-Co3 , что указывает на то, что это были не только промежуточные продукты обработки, но и промежуточные продукты распада.Более длительные экспозиции нозерн-блотов позволили визуализировать частично деградированные транскрипты, полученные из mt-Atp8 / 6- (рис. 4E, правая панель), подтвердив эти наблюдения на основе данных глубокого секвенирования. В библиотеках, созданных из митохондрий сердца с нокаутом Mrpp3 , мы наблюдали усиление картирования концов транскриптов в открытых рамках считывания mt-Co2 и mt-Co3 , что указывает на усиленную деградацию, что также было подтверждено нозерн-блоттингом (рис. 4E). .Это подтверждает наши предыдущие наблюдения, что компенсаторное увеличение транскрипции в митохондриях сердца с нокаутом Mrpp3 и приводит к повышенной деградации РНК. Действительно, нозерн-блоттинг показал увеличение 7S РНК (дополнительный рисунок S2), который является маркером транскрипции с мтДНК, в наших образцах с нокаутом Mrpp3 .

5΄ концов

mt-Co3

В наших данных секвенирования РНК в форме циркуляра мы не обнаружили какого-либо значимого сопоставления 5′-концов считывания с 5′-концом mt-Co3 (рис. 4F).Это также наблюдалось в данных PARE, где не было зафиксировано 5΄ концов за пределами локального фона. Хотя и секвенирование кольцевой РНК, и РНК захвата PARE должны быть секвенированы посредством лигирования концов 5′-транскрипта, они используют очень разные лигазы, условия реакции, а PARE использует межмолекулярное лигирование, в то время как секвенирование кольцевой РНК происходит посредством внутримолекулярного лигирования. Поскольку и для секвенирования циркуляризованной РНК, и для PARE требуется 5΄-монофосфат для начальной стадии лигирования, мы выполнили 5΄-фосфат-зависимое экзонуклеазное расщепление выделенной митохондриальной РНК мыши, чтобы проверить, является ли конкретная биохимическая особенность мРНК mt-Co3 . за его отсутствие в различных библиотеках глубокого секвенирования.Нозерн-блоттинг расщепленной РНК показал, что мРНК mt-Co3 не была восприимчива к 5′-фосфат-зависимому расщеплению экзонуклеазой, в отличие от транскриптов mt-Co2 и 12S рРНК (рис. 4G). Это говорит о том, что мРНК mt-Co3 лишена 5΄-монофосфата или что ее 5΄-монофосфат недоступен для расщепления экзонуклеазой из-за вторичной структуры РНК. Учитывая, что наши библиотеки секвенирования циркуляризованной РНК были получены путем лигирования при 60 ° C, чтобы разрушить вторичную структуру РНК, мы поддерживаем первую гипотезу.

Частично процессированные транскрипты, содержащие

mt-Co1

Ген mt-Co1 представляет собой ORF, кодируемую тяжелой цепью, фланкированную с обеих сторон тРНК легкой цепи ( mt-Ty на 5′-конце и mt-Ts1 на 3′-конце). В мышиных РНК дикого типа мы обнаружили очень мало прочтений, указывающих на промежуточные продукты процессинга РНК (рис. 5А). Большинство считываний сопоставлено с положением 6917, что на 45 нуклеотидов после стоп-кодона mt-Co1 .Основываясь на предыдущих исследованиях (29) и наших данных PARE (рис. 5C), это, вероятно, составляет 3΄-UTR этого транскрипта, что необычно, поскольку это одна из трех митохондриальных мРНК со значительными 3΄-UTR, наряду с mt. -Nd5 и mt-Nd6 (28,30). Следовательно, кольцевое секвенирование РНК также может быть полезно для определения истинных концов РНК. Количество считываний, отображаемых в положение 6917, было значительно снижено при секвенировании кольцевой РНК от мышей с нокаутом, что указывает на то, что комплекс РНКазы P необходим для генерации 3΄-UTR mt-Co1 (фиг. 5B).Это подтверждается в наборе данных PARE Mrpp3 (12), где сразу после этого местоположения было отображено меньше 5΄ концов (рис. 5C). 3΄-UTR mt-Co1 происходит из РНК, которая кодируется цепью, комплементарной цепи, кодирующей mt-Ts1 . Эти участки РНК, названные «зеркальными тРНК», часто складываются в тРНК-подобные структуры. Мы использовали расчетное предсказание структуры РНК в этой области и показали, что она очень напоминает тРНК (дополнительный рисунок S3), с одной ножкой, которая очень похожа на акцепторную ножку митохондриальной тРНК Val , обеспечивая дополнительные доказательства. что он может быть распознан непосредственно РНКазой P.Однако также возможно, что дополнительная нуклеаза могла расщеплять этот сайт, а расщепление РНКазой P на дистальных сайтах могло бы просто облегчить ее доступ к этой РНК.

Рисунок 5.

Анализ частично процессированных транскриптов, содержащих mt-Co1 . ( A ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК мыши дикого типа. Картирование считываний между mt-Co1 и другими митохондриальными РНК проиллюстрировано линиями между положениями нуклеотидов 5΄ и 3΄.Расположение генов показано на схеме, где гены тяжелой цепи показаны во внешнем кольце, а гены легкой цепи — во внутреннем кольце. Гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, тРНК серым, D-петля — белым, а интересующая мРНК, mt-Co1 , показана оранжевым. ( B ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК от мышей с нокаутом Mrpp3 . ( C ) Данные PARE, иллюстрирующие уменьшение 5΄ и 3΄ обработки mt-Td в отсутствие MRPP3, а также положение 3΄-UTR mt-Co1 (12).( D ) Нозерн-блоттинг РНК сердца мышей дикого типа и мышей с нокаутом Mrpp3 с использованием зонда, специфичного для mt-Co1 .

Рисунок 5.

Анализ частично процессированных транскриптов, содержащих mt-Co1 . ( A ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК мыши дикого типа. Картирование считываний между mt-Co1 и другими митохондриальными РНК проиллюстрировано линиями между положениями нуклеотидов 5΄ и 3΄. Расположение генов показано на схеме, где гены тяжелой цепи показаны во внешнем кольце, а гены легкой цепи — во внутреннем кольце.Гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, тРНК серым, D-петля — белым, а интересующая мРНК, mt-Co1 , показана оранжевым. ( B ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК от мышей с нокаутом Mrpp3 . ( C ) Данные PARE, иллюстрирующие уменьшение 5΄ и 3΄ обработки mt-Td в отсутствие MRPP3, а также положение 3΄-UTR mt-Co1 (12). ( D ) Нозерн-блоттинг РНК сердца мышей дикого типа и мышей с нокаутом Mrpp3 с использованием зонда, специфичного для mt-Co1 .

В митохондриях сердца с нокаутом Mrpp3 было значительно больше картирований чтения за пределами гена mt-Co1 (рис. 5B). РНК-предшественники, картированные как с 5΄, так и с 3΄ тРНК и мРНК ( mt-Nd2, mt-Tw и mt-Td, mt-Co2 , соответственно), однако более сопоставимы с 3΄ стороны, вероятно, потому что четыре последовательные гены тРНК легкой цепи, сворачивающиеся как «зеркальные тРНК», на стороне 5΄ обеспечивают множество потенциальных сайтов расщепления ELAC2 между mt-Nd2 и mt-Co1 (12).Разнообразие потенциальных сайтов расщепления ELAC2 по обе стороны от мРНК mt-Co1 отражено в высокогетерогенных частично процессированных РНК, наблюдаемых в Нозерн-блотах, исследующих эту РНК в образцах с нокаутом Mrpp3 (рис. 5D).

Полиаденилирование частично процессированных транскриптов и малых РНК-продуктов деградации РНК

Для получения дополнительной информации о видах РНК, обнаруженных с помощью кольцевого секвенирования РНК, мы выполнили быструю амплификацию концов кДНК (RACE) для 5΄ и 3΄ концов mt-Co1 .Мы наблюдали, что частично процессированные РНК, простирающиеся на 5΄ из mt-Co1 , не были легко обнаружены в митохондриях дикого типа, однако в отсутствие картирования продуктов активности РНКазы P на каноническом 5΄ конце mt-Co1 были снижены и Были очевидны два преобладающих удлинения, соответствующие предшественникам, расщепленным на 3′-конце mt-Tw и внутреннему сайту mt-Nd2 (фиг. 6A). 3΄-RACE обнаружил преобладающий промежуточный продукт процессинга, который включал mt-Co1 и mt-Td в отсутствие РНКазы P, а также продукты, простирающиеся до 3΄ конца mt-Co2 и внутренние сайты . mt-Co2 (Рисунок 6B).Эти частично процессированные концы также были основными концами РНК, обнаруженными при анализе промежуточных продуктов процессинга mt-Co1 с использованием кольцевого секвенирования РНК. Эти данные иллюстрируют соответствие между данными секвенирования РНК с циркуляризацией и идентичностями промежуточных продуктов процессинга, обнаруженных в образцах митохондриальной РНК с помощью анализов молекулярной биологии.

Рисунок 6.

Полиаденилирование промежуточных продуктов распада мРНК. ( A ) Быстрая 5′-амплификация концов кДНК (5′-RACE) подтверждает 5′-концы mt-Co1 .3΄-RACE идентифицировал общие ( B ) и полиаденилированные ( C ) промежуточные продукты переработки, которые включают mt-Co1 . Секвенирование циркуляризованной РНК захватило аутентичные малые РНК ( D ). Обилие малых РНК (мРНК) разного размера, идентифицированных с помощью кольцевого секвенирования РНК, сравнивали с теми, которые были обнаружены с помощью классического секвенирования мРНК. Положения 19- и 22-нуклеотидных мРНК, ранее идентифицированных в митохондриальном транскриптоме человека (27), показаны стрелками.( E ) Показаны положения 5΄ и 3΄ концов мРНК в пределах mt-Co1 и кратное изменение между библиотеками митохондриальных кольцевых РНК с нокаутом из Mrpp3 и дикого типа. Малые РНК, полученные из mt-Co1 , были увеличены в изобилии в библиотеках РНК Mrpp3 (тест Стьюдента t , P = 0,0034). ( F ) Часть продуктов деградации мРНК, полученных из мРНК, полиаденилирована. Доля полиаденилированных мРНК, полученных из следующих мРНК, была значительно увеличена после потери MRPP3 (тест Стьюдента t , P ≤ 0.05, обозначено звездочкой): mt-Co1, mt-Co2, mt-Atp8 / 6, mt-Co3, mt-Nd6 и mt-Cytb .

Рисунок 6.

Полиаденилирование промежуточных продуктов распада мРНК. ( A ) Быстрая 5′-амплификация концов кДНК (5′-RACE) подтверждает 5′-концы mt-Co1 . 3΄-RACE идентифицировал общие ( B ) и полиаденилированные ( C ) промежуточные продукты переработки, которые включают mt-Co1 . Секвенирование циркуляризованной РНК захватило аутентичные малые РНК ( D ).Обилие малых РНК (мРНК) разного размера, идентифицированных с помощью кольцевого секвенирования РНК, сравнивали с теми, которые были обнаружены с помощью классического секвенирования мРНК. Положения 19- и 22-нуклеотидных мРНК, ранее идентифицированных в митохондриальном транскриптоме человека (27), показаны стрелками. ( E ) Показаны положения 5΄ и 3΄ концов мРНК в пределах mt-Co1 и кратное изменение между библиотеками митохондриальных кольцевых РНК с нокаутом из Mrpp3 и дикого типа. Малые РНК, полученные из mt-Co1 , были увеличены в изобилии в библиотеках РНК Mrpp3 (тест Стьюдента t , P = 0.0034). ( F ) Часть продуктов деградации мРНК, полученных из мРНК, полиаденилирована. Доля полиаденилированных мРНК, полученных из следующих мРНК, была значительно увеличена после потери MRPP3 (тест Стьюдента t , P ≤ 0,05, обозначено звездочкой): mt-Co1, mt-Co2, mt-Atp8 / 6, mt-Co3, mt-Nd6 и mt-Cytb .

При выполнении анализов 3΄-RACE, описанных выше, мы также включили образцы, обработанные с использованием якорного праймера 3΄-RACE, который специфически амплифицирует полиаденилированные транскрипты, и наблюдали, что многие частично процессированные РНК, которые одновременно деградировали, поскольку они расщеплялись внутри до mt. -Co2 , были полиаденилированы (Фигура 6С).Чтобы изучить это более подробно, мы воспользовались тем фактом, что секвенирование кольцевой РНК также захватывает малые РНК (мРНК) для измерения продуктов распада РНК. Малые РНК подвергаются обратной транскрипции путем амплификации по типу катящегося круга и образуют тандемные повторы в результате глубокого секвенирования. Мы извлекли их с помощью программного обеспечения для деконволюции тандемных повторов (19) и сравнили их с мРНК, секвенированной из сопоставленных образцов с использованием стандартной sRNA-Seq. МРНК, обнаруженные обоими методами, включали общие виды из 19 и 22 нуклеотидов, которые мы ранее обнаружили в клетках человека (27), подтверждая, что кольцевое секвенирование РНК может быть использовано для изучения аутентичных мРНК (рис. 6D).Мы исследовали мРНК, полученные из мРНК в наших библиотеках, которые могут возникнуть в результате деградации этих мРНК. Эти РНК были разбросаны по митохондриальным мРНК и часто увеличивались в изобилии в библиотеках РНК Mrpp3 (рисунок 6E, дополнительный рисунок S4). Эти мРНК, вероятно, соответствуют аутентичным промежуточным продуктам распада РНК, поскольку они демонстрируют хорошее соответствие с многочисленными промежуточными продуктами деградации РНК, идентифицированными с помощью 3΄-RACE (дополнительный рисунок S5). Интересно, что мы обнаружили значительное полиаденилирование этих продуктов деградации мРНК (рис. 6F).Кроме того, мы отмечаем, что доля этих полиаденилированных продуктов деградации увеличилась в наших нокаутах Mrpp3 , где мы наблюдаем повышенную деградацию РНК, и была статистически значимой для mt-Co1, mt-Co2, mt-Atp8 / 6, mt-Co3. , mt-Nd6 и мРНК mt-Cytb .

Необработанные транскрипты, содержащие

mt-Nd1

Ген mt-Nd1 является представителем типичной структуры митохондриальных мРНК млекопитающих в том смысле, что он фланкирован генами тРНК с обеих сторон ( mt-Tl1 на его 5΄ конце и mt-Ti на его 3 конец).В митохондриальной РНК дикого типа мы обнаружили очень мало необработанных РНК, содержащих mt-Nd1 (дополнительный рисунок S6A), хотя большинство из них было нанесено на карту на его 5΄-фланке, подтверждая предыдущие наблюдения, что более долгоживущий промежуточный продукт, известный как RNA19, включает mt- Nd1 , тРНК Leu1 и 16S рРНК обнаружены в митохондриях. Мы подтвердили присутствие промежуточного звена РНК19 в наших образцах с помощью нозерн-блоттинга (дополнительный рисунок S6D).

В митохондриях сердца с нокаутом Mrpp3 наблюдалось увеличение картирования частично процессированных РНК с обеих сторон от mt-Nd1 (дополнительный рисунок S6B, включая mt-Tl1 , 12S рРНК на его 5΄ фланге и mt- Ti , зеркало mt-Tq, mt-Tm и mt-Nd2 со стороны 3΄).Расщепление как 5΄, так и 3΄ концов mt-Tl1 теряется у мышей с нокаутом Mrpp3 , в то время как только расщепление 3΄ конца mt-Ti не нарушается в mt-Ti / mt. -Tq / mt-Tm кластер тРНК (дополнительный рисунок S6C) (12). Поэтому неудивительно, что большие частично процессированные РНК наблюдаются в отсутствие РНКазы P как при секвенировании циркуляризованной РНК (дополнительная фигура S6B), так и с помощью нозерн-блоттинга (дополнительная фигура S6D).

Необработанные транскрипты, содержащие

mt-Nd4l / 4

Ген mt-Nd4l / 4 является вторым из двух бицистронных мРНК и фланкирован на своем 5΄ конце mt-Tr , а на его 3΄ конце — mt-Th / mt-Ts2 / mt-Tl2 кластер тРНК.Наше кольцевое секвенирование РНК митохондриальной РНК дикого типа выявило разреженное картирование частично процессированных РНК на любом из флангов mt-Nd4l / 4 (рис. 7A), за исключением большого количества считываний, отображающих только один, два или три нуклеотида. перед стартовым кодоном mt-Nd4l / 4 ATG. Это подтверждает предыдущие наблюдения, что mt-Nd4l / 4 имеет очень короткую 5′-UTR (29), и изучение данных PARE показало ту же тенденцию, что и секвенирование циркуляризованной РНК, где 1 нт была наиболее частой длиной 5′-UTR. на 2, 3, а затем очень редко на 4 н. (рис. 7C).Производство 5′-UTR длиннее 1 нуклеотидов требует включения нуклеотидов с 3′-конца тРНК Arg (кодируется mt-Tr ) в транскрипт mt-Nd4l / 4 . Интересно отметить, что последние два кодируемых мтДНК нуклеотида тРНК Arg являются аденинами, что повышает вероятность того, что продуктивные тРНК все еще могут генерироваться из тРНК Arg , расщепленной в этих положениях посредством репарации поли (А) полимеразой, как недавно наблюдалось. для тРНК Tyr после удаления тРНК Cys из тРНК Tyr –тРНК Cys РНК-предшественник (31).

Рисунок 7.

Анализ частично процессированных транскриптов, содержащих mt-N4l / 4 . ( A ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК мыши дикого типа. Картирование считываний между mt-Nd4l / 4 и другими митохондриальными РНК проиллюстрировано линиями между положениями нуклеотидов 5΄ и 3΄. Расположение генов показано на схеме, где гены тяжелой цепи показаны во внешнем кольце, а гены легкой цепи — во внутреннем кольце.Гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, тРНК серым, D-петля — белым, а интересующая мРНК, mt-Nd4l / 4 , показана оранжевым. ( B ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК от мышей с нокаутом Mrpp3 . ( C ) Данные PARE, иллюстрирующие различные положения коротких 5΄-UTR mt-Nd4l / 4 . ( D ) Нозерн-блоттинг РНК сердца мышей дикого типа и мышей с нокаутом Mrpp3 с использованием зонда, специфичного для mt-Nd4l / 4 .

Рисунок 7.

Анализ частично процессированных транскриптов, содержащих mt-N4l / 4 . ( A ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК мыши дикого типа. Картирование считываний между mt-Nd4l / 4 и другими митохондриальными РНК проиллюстрировано линиями между положениями нуклеотидов 5΄ и 3΄. Расположение генов показано на схеме, где гены тяжелой цепи показаны во внешнем кольце, а гены легкой цепи — во внутреннем кольце. Гены, кодирующие рРНК, показаны зеленым, мРНК показаны голубым, тРНК серым, D-петля — белым, а интересующая мРНК, mt-Nd4l / 4 , показана оранжевым.( B ) Секвенирование циркуляризованной РНК митохондриальной РНК от мышей с нокаутом Mrpp3 . ( C ) Данные PARE, иллюстрирующие различные положения коротких 5΄-UTR mt-Nd4l / 4 . ( D ) Нозерн-блоттинг РНК сердца мышей дикого типа и мышей с нокаутом Mrpp3 с использованием зонда, специфичного для mt-Nd4l / 4 .

Производство коротких 5΄-UTR концов mt-Nd4l / 4 требует активности РНКазы P для их производства, так как считывание, захватывающее эти сайты, было значительно снижено при секвенировании кольцевой РНК и PARE из митохондрий сердца с нокаутом Mrpp3 (рис. 7B и C).Остается определить, расщепляет ли РНКаза Р эти сайты напрямую или они расщепляются другим ферментом, таким как ELAC2, который может функционировать только после процессинга РНКазой Р вышележащих сайтов. Действительно, в отсутствие активности РНКазы P кольцевое секвенирование РНК привело к большому количеству считываний, картированных между mt-Nd4l / 4 и его фланкирующими генами мРНК (рис. 7B и C), в том числе между mt-Nd4l / 4 и . mt-Nd5 , несмотря на то, что эти мРНК разделяют три тРНК.Это подтверждает предыдущие данные о том, что потеря митохондриальной РНКазы P может влиять на процессинг тРНК, которые, вероятно, представляют собой субстраты ELAC2 (12). Интересно, что мы также обнаружили, что доля считываний, происходящих от тРНК, несущих посттранскрипционное добавление 3΄CCA, была уменьшена в нашем глубоком секвенировании малых РНК (дополнительный рисунок S7), что указывает на то, что уменьшение расщепления на 5΄ концах тРНК не может нарушают только расщепление ELAC2 на 3′-конце тРНК, но также и последующее добавление тринуклеотида CCA.

ОБСУЖДЕНИЕ

Таким образом, мы использовали глубокое секвенирование циркуляризованной РНК, чтобы обнаружить состав долгоживущих предшественников митохондриальной РНК как в нормальных митохондриях сердца, так и в митохондриях, лишенных активности белковой РНКазы P. При секвенировании циркуляризованной РНК из митохондрий, лишенных MRPP3 и, следовательно, активности РНКазы P, мы обнаружили резкое увеличение числа прочтений, соединяющих несколько генов. Это выявило наиболее чувствительные участки к потере РНКазы P и позволило вменять структуры частично процессированных РНК.Многие наблюдаемые нами РНК-предшественники включали несколько тРНК, которые в принципе содержат сайты расщепления ELAC2. Это подтверждает предыдущие данные о том, что процессинг тРНК РНКазой P является обязательным для последующего расщепления РНКазой Z / ELAC2 в большинстве случаев в митохондриях млекопитающих (12). Более того, влияние на созревание 3-концевой тРНК выходит за рамки расщепления, поскольку добавление тринуклеотида CCA, который необходим для аминоацилирования тРНК, снижается в митохондриях, лишенных MRPP3. Эти наблюдения подтверждают взаимозависимую природу путей, необходимых для производства зрелых РНК в митохондриях (12,32).

Интересно, что мы наблюдали частично процессированные РНК, которые были расщеплены в пределах открытых рамок считывания нижестоящих или вышестоящих РНК, что указывает на то, что процессинг и деградация могут происходить одновременно в митохондриях. Представляют ли они дефектные РНК, предназначенные для полной деградации, или есть некоторый «побочный ущерб» отдельных частей длинных РНК-предшественников во время их созревания, еще предстоит определить. Тем не менее, эти результаты согласовывают наблюдения коротких периодов полураспада РНК в митохондриях (33) и очевидных длинных периодов полураспада миторибосом (содержащих «короткоживущие» рРНК) (32,34), поскольку часть рРНК, вероятно, быстро разлагается перед процессингом. завершается, в то время как те, которые правильно собраны в миторибосомы, стабилизируются в течение длительного периода времени.

Процесс деградации РНК в митохондриях млекопитающих все еще плохо изучен. Требуется комплекс SUV3-геликазы и полинуклеотидфосфорилазы (PNPase), но его субстратные предпочтения и регуляция на сегодняшний день не установлены. Экспрессия доминантно-отрицательной формы геликазы SUV3 в клетках тканевых культур приводила к продукции большой доли усеченных транскриптов (от 36% до 57% РНК) (35). Интересно, что усеченные транскрипты также были обнаружены в контрольных клетках (между 1.5% и 15% РНК) (35), что подтверждает наши наблюдения о том, что частично деградированные транскрипты часто присутствуют в значительных количествах. Кроме того, было обнаружено, что SUV3 важен для удаления промежуточных продуктов переработки (35). Наши наблюдения частично деградированных промежуточных продуктов процессинга предоставляют дополнительные доказательства того, что деградация митохондриальных РНК может происходить одновременно с процессингом.

Хотя митохондриальный геном плотно упакован генами, поскольку обе нити транскрибируются полностью, образуется значительная некодирующая РНК, которая составляет антисмысловую составляющую мРНК и тРНК (4).Хотя мы ранее показали, что некоторые из этих длинных некодирующих РНК широко распространены, особенно из области Nd5-Cytb (30), остается необходимость избавиться от большинства этих некодирующих РНК. Как система деградации в митохондриях различает канонические мРНК, рРНК и тРНК и промежуточные РНК, предназначенные для разрушения, еще предстоит определить. Полиаденилирование традиционно известно как механизм стабилизации мРНК в цитоплазме и митохондриях эукариот.У млекопитающих активность митохондриальной поли (A) полимеразы (MTPAP) усиливается комплексом LRPPRC / SLIRP, потеря которого снижает как стабильность мРНК, так и полиаденилирование (29,33). Однако в митохондриях растений и кинетопластид полиаденилирование может быть вовлечено в стимуляцию деградации РНК (36,37), и в недавнем исследовании потеря MTPAP у Drosophila не повлияла на стабильность РНК, а вместо этого привела к нарушению защиты 3′-концов определенных мРНК и тРНК, а также добавление CCA к подмножеству тРНК (38).В этом исследовании мы наблюдали промежуточные продукты деградации, включая как длинные частично процессированные РНК, так и небольшие фрагменты РНК, которые являются полиаденилированными. Кроме того, мы наблюдали усиление полиаденилирования продуктов распада РНК при делеции Mrpp3 , что указывает на то, что полиаденилирование также может играть важную роль в распаде мРНК в митохондриях млекопитающих. Наконец, мы также измерили уменьшение добавления CCA к 3′-концам тРНК при потере MRPP3, иллюстрируя сложную взаимосвязь между созреванием РНК и путями распада в митохондриях млекопитающих.

Способность секвенирования циркуляризованной РНК обнаруживать редкие необработанные РНК может иметь широкое применение в исследованиях метаболизма РНК. Методы, использованные в этом исследовании, специфически захватывают РНК с 5΄-фосфатными и 3΄-гидроксильными группами, но могут быть легко модифицированы для секвенирования РНК с альтернативными концевыми структурами. Это особенно актуально для подмножеств транскриптов, кодируемых ядром, где лечение ферментами для снятия колпачков и фосфатазами может быть полезным. В случае митохондрий это может иметь отношение только к двум 5′-концам, которые генерируются из инициирующих нуклеотидных трифосфатов тяжелых и легких транскриптов-предшественников, а также к 5′-концу mt-Co3 , который мы идентифицировали в этой работе. как устойчивые к лигированию с помощью CircLigase II, а также к расщеплению 5΄-фосфат-зависимой экзонуклеазой.Возможно, что белок FASTKD5 может играть роль в процессинге этого сайта, поскольку нокдаун этого белка приводит к повышенному накоплению транскрипта mt-Atp8 / 6-mt-Co3 (39).

Подготовка библиотек путем внутримолекулярной циркуляризации РНК может облегчить секвенирование образцов, где количество РНК ограничено или где структуры отдельных РНК препятствуют межмолекулярному лигированию (15). Это позволяет анализировать редкие РНК с лучшим охватом, позволяя более точно характеризовать промежуточные продукты обработки и продукты деградации без необходимости химического или генетического нарушения белков, участвующих в этих процессах.Это может быть полезно для выявления ранее неоткрытых аспектов жизненного цикла РНК.

НОМЕРА ДОСТУПА

Номера доступа для данных секвенирования РНК, представленные в этой статье: Gene Expression Omnibus (GEO): GSE94005 и GSE94030.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ДАННЫЕ

Дополнительные данные доступны в NAR Online.

БЛАГОДАРНОСТИ

Мы благодарим Леонида Бродского, Йонгджун Чу, Дэвида Кори, Андреаса Хольцингера и Артура Лугмайра за советы по биоинформатическому анализу.

ФИНАНСИРОВАНИЕ

Австралийский исследовательский совет [DP170103000 и DP140104111 к A.F. и O.R.]; Национальный совет по здравоохранению и медицинским исследованиям [APP1058442 и APP1045677 на имя A.F. and O.R. и APP1058442 на имя A.F.]; Онкологический совет Западной Австралии [к О.Р.]. Финансирование платы за открытый доступ: Австралийский исследовательский совет.

Заявление о конфликте интересов . Ничего не объявлено.

ССЫЛКИ

1.

Ouellette

M.

,

Papadopoulou

B.

Скоординированная экспрессия генов посттранскрипционными регулонами в африканских трипаносомах

.

J. Biol.

2009

;

8

:

100

2.

Clayton

C.

Регулирование экспрессии гена трипаносомы с помощью РНК-связывающих белков

.

PLoS Pathog.

2013

;

9

:

e1003680

3.

Малый

I.D.

,

Rackham

O.

,

Filipovska

A.

Транскриптомы органелл: продукты деконструированного генома

.

Curr. Opin. Microbiol.

2013

;

16

:

652

658

.4.

Rackham

O.

,

Mercer

T.R.

,

Filipovska

A.

Митохондриальный транскриптом человека и РНК-связывающие белки, регулирующие его экспрессию

.

Wiley междисциплинарный. Ред. РНК

.

2012

;

3

:

675

695

.5.

Hällberg

B.M.

,

Ларссон

Н.-Г.

Производство белков в электростанции

.

Cell Metab.

2014

;

20

:

226

240

.6.

Rorbach

J.

,

Minczuk

M.

Посттранскрипционная жизнь митохондриальной РНК млекопитающих

.

Biochem. J.

2012

;

444

:

357

373

.7.

Андерсон

S.

,

Bankier

A.T.

,

Barrell

B.G.

,

de Bruijn

M.H.

,

Coulson

A.R.

,

Drouin

J.

,

Eperon

I.C.

,

Nierlich

D.P.

,

Роу

Б.А.

,

Sanger

F.

et al.

Последовательность и организация митохондриального генома человека

.

Природа

.

1981

;

290

:

457

465

.8.

Ojala

D.

,

Montoya

J.

,

Attardi

G.

модель пунктуации тРНК процессинга РНК в митохондриях человека

.

Природа

.

1981

;

290

:

470

474

.9.

Holzmann

J.

,

Frank

P.

,

Löffler

E.

,

Bennett

K.L.

,

Gerner

C.

,

Rossmanith

W.

РНКаза P без РНК: идентификация и функциональное восстановление фермента процессинга митохондриальной тРНК человека

.

Ячейка

.

2008

;

135

:

462

474

.10.

Бжезняк

Л.K.

,

Bijata

M.

,

Szczesny

R.J.

,

Stepien

P.P.

Участие продукта гена ELAC2 человека в процессинге 3΄ концов митохондриальных тРНК

.

RNA Biol.

2011

;

8

:

616

626

. 11.

Санчес

M.I.

,

Mercer

T.R.

,

Дэвис

S.M.

,

Shearwood

A.-M.J.M.

,

Nygård

K.K.

,

Richman

T.R.

,

Маттик

J.S.

,

Rackham

O.

,

Filipovska

A.

Процессинг РНК в митохондриях человека

.

Цикл ячеек

.

2011

;

10

:

2904

2916

.12.

Rackham

O.

,

Busch

J.D.

,

Matic

S.

,

Siira

S.J.

,

Кузнецова

I.

,

Атанасов

I.

,

Ermer

J.A.

,

Shearwood

A.-M.J.M.

,

Richman

T.R.

,

Стюарт

J.B.

et al.

Иерархический процессинг РНК необходим для сборки митохондриальных рибосом

.

Cell Rep.

2016

;

16

:

1874

1890

.13.

Rackham

O.

,

Filipovska

A.

Анализ транскриптома митохондрий человека с использованием направленного глубокого секвенирования и параллельного анализа концов РНК

.

Methods Mol. Биол.

2014

;

1125

:

263

275

. 14.

Асеведо

А.

,

Бродский

Л.

,

Андино

Р.

Мутационные и фитнес-ландшафты вируса РНК, выявленные с помощью популяционного секвенирования

.

Природа

.

2014

;

505

:

686

690

.15.

Chu

Y.

,

Wang

T.

,

Dodd

D.

,

Xie

Y.

,

Janowski

B.A.

,

Кори

D.R.

Внутримолекулярная циркуляризация увеличивает эффективность секвенирования РНК и обеспечивает CLIP-Seq ядерной РНК из клеток человека

.

Nucleic Acids Res.

2015

;

43

:

e75

16.

Lagouge

M.

,

Mourier

A.

,

Lee

HJ

,

Spåhr

H.

,

9000 Wai

Kukat

C.

,

Silva Ramos

E.

,

Motori

E.

,

Busch

JD

,

Siira

S.

et al.

SLIRP регулирует скорость синтеза митохондриального белка и защищает LRPPRC от деградации

.

PLoS Genet.

2015

;

11

:

e1005423

17.

Martin

M.

Cutadapt удаляет последовательности адаптеров из операций чтения с высокой пропускной способностью

.

EMBnet.journal

.

2011

;

17

:

10

12

. 18.

Magoč

T.

,

Salzberg

S.L.

FLASH: быстрая корректировка длины коротких считываний для улучшения сборки генома

.

Биоинформатика

.

2011

;

27

:

2957

2963

. 19.

Benson

G.

Поиск тандемных повторов: программа для анализа последовательностей ДНК

.

Nucleic Acids Res.

1999

;

27

:

573

580

.20.

Langmead

B.

,

Salzberg

S.L.

Быстрое выравнивание с пропуском чтения с Bowtie 2

.

Nat.Методы

.

2012

;

9

:

357

359

. 21.

Li

H.

,

Handsaker

B.

,

Wysoker

A.

,

Fennell

T.

,

Ruan

J.

,

Homer

Marth

G.

,

Abecasis

G.

,

Durbin

R.

Формат выравнивания / карты последовательностей и SAMtools

.

Биоинформатика

.

2009

;

25

:

2078

2079

. 22.

Робинсон

J.T.

,

Thorvaldsdóttir

H.

,

Winckler

W.

,

Guttman

M.

,

Lander

E.S.

,

Getz

G.

,

Месиров

J.P.

Программа просмотра интегративной геномики

.

Nat. Biotechnol.

2011

;

29

:

24

26

.23.

Thorvaldsdóttir

H.

,

Robinson

J.T.

,

Месиров

J.P.

Integrative Genomics Viewer (IGV): высокопроизводительная визуализация и исследование данных геномики

.

Краткое. Биоинформатика

.

2013

;

14

:

178

192

. 24.

Krzywinski

M.

,

Schein

J.

,

Birol

I.

,

Connors

J.

,

Gascoyne

R.

,

Horsman

D.

,

Jones

S.J.

,

Marra

MA

Circos: информационная эстетика для сравнительной геномики

.

Genome Res.

2009

;

19

:

1639

1645

. 25.

Quinlan

A.R.

,

Hall

I.M.

BEDTools: гибкий набор утилит для сравнения геномных характеристик

.

Биоинформатика

.

2010

;

26

:

841

842

. 26.

Lapointe

C.P.

,

Wilinski

D.

,

Saunders

H.A.

,

Wickens

M.

Сети белок-РНК, выявленные с помощью ковалентных РНК-меток

.

Nat. Методы

.

2015

;

12

:

1163

1170

. 27.

Mercer

Т.R.

,

Neph

S.

,

Dinger

M.E.

,

Crawford

J.

,

Smith

M.A.

,

Shearwood

A.-M.J.M.

,

Haugen

E.

,

Bracken

C.P.

,

Rackham

O.

,

Stamatoyannopoulos

J.A.

et al.

Митохондриальный транскриптом человека

.

Ячейка

.

2011

;

146

:

645

658

.28.

Temperley

R.J.

,

Wydro

M.

,

Lightowlers

R.N.

,

Chrzanowska-Lightowlers

Z.M.

Человеческие митохондриальные мРНК — члены всех семейств, похожие, но разные

.

Биохим. Биофиз. Acta

.

2010

;

1797

:

1081

1085

. 29.

Руззенте

Б.

,

Методиев

М.D.

,

Wredenberg

A.

,

Bratic

A.

,

Park

CB

,

Cámara

Y.

,

Milenkovic

D.

er

000 Zick ,

Wibom

R.

,

Hultenby

K.

et al.

LRPPRC необходим для полиаденилирования и координации трансляции митохондриальных мРНК

.

EMBO J.

2012

;

31

:

443

456

.30.

Rackham

O.

,

Shearwood

A.-M.J.M.

,

Mercer

T.R.

,

Дэвис

S.M.

,

Маттик

J.S.

,

Filipovska

A.

Длинные некодирующие РНК генерируются из митохондриального генома и регулируются ядерно-кодируемыми белками

.

РНК

.

2011

;

17

:

2085

2093

. 31.

Фидлер

М.

,

Rossmanith

W.

,

Wahle

E.

,

Rammelt

C.

Митохондриальная поли (A) полимераза участвует в репарации тРНК

.

Nucleic Acids Res.

2015

;

43

:

9937

9949

. 32.

Богенхаген

D.F.

,

Мартин

D.W.

,

Koller

A.

Начальные этапы процессинга РНК и сборки рибосом происходят на нуклеоидах митохондриальной ДНК

.

Ячейка Метаб

.

2014

;

19

:

618

629

. 33.

Chujo

T.

,

Ohira

T.

,

Sakaguchi

Y.

,

Goshima

N.

,

Nomura

N.

,

Nagao4 9000 Suzuki

T.

LRPPRC / SLIRP подавляет распад мРНК, опосредованный PNPase, и способствует полиаденилированию в митохондриях человека

.

Nucleic Acids Res.

2012

;

40

:

8033

8047

. 34.

Richter

U.

,

Lahtinen

T.

,

Marttinen

P.

,

Myöhänen

M.

,

Greco

D. Джейкобс

HT

,

Lietzén

N.

,

Nyman

T.A.

,

Баттерсби

Б.J.

Митохондриальный путь распада рибосом и РНК блокирует пролиферацию клеток

.

Curr. Биол.

2013

;

23

:

535

541

.35.

Szczesny

R.J.

,

Боровски

Л.С.

,

Brzezniak

L.K.

,

Dmochowska

A.

,

Gewartowski

K.

,

Bartnik

E.

,

Stepien

P.P.

Оборот митохондриальной РНК человека, пойманный на месте: участие hSuv3p-геликазы в надзоре за РНК

.

Nucleic Acids Res.

2010

;

38

:

279

298

0,36.

Gagliardi

D.

,

Leaver

C.J.

Полиаденилирование ускоряет деградацию митохондриальной мРНК, связанную с цитоплазматической мужской стерильностью у подсолнечника

.

EMBO J.

1999

;

18

:

3757

3766

.37.

Райан

К.М.

et al.

Полиаденилирование регулирует стабильность митохондриальных РНК Trypanosoma brucei

.

J. Biol. Chem.

2003

;

278

:

32753

32762

0,38.

Bratic

A.

,

Clemente

P.

,

Calvo-Garrido

J.

,

Maffezzini

C.

,

Felser

A.

,

Wibom

,

Wedell

A.

,

Freyer

C.

,

Wredenberg

A.

Полиаденилирование митохондрий — это одностадийный процесс, необходимый для целостности мРНК и созревания тРНК

.

PLoS Genet.

2016

;

12

:

e1006028

39.

Antonicka

H.

,

Shoubridge

E.A.

Гранулы митохондриальной РНК являются центрами посттранскрипционного процессинга РНК и биогенеза рибосом

.

Cell Rep.

2015

;

10

:

920

932

.

© Автор (ы) 2017. Опубликовано Oxford University Press от имени Nucleic Acids Research.

Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), которая разрешает неограниченное повторное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии, что оригинал работа правильно процитирована.

2009–2000 | Лаборатория Зибурта

2009 — 2000 | Лаборатория Зибурта
П. Чен, П. Дж. Кэрролл, С. М. Зибурт, «Бипиперидины через последовательные [4 + 4] — [3,3] -Ретро-реакции Манниха».
Organic Letters. 2009 , 11 , 4540-4543. Ссылка
S Sen, S Singh, SM Sieburth, «Практический двухстадийный синтез 2-замещенных 1,3-бутадиенов».
Журнал органической химии. 2009 , 74 , 2884-2886.Ссылка
S Sen, M Purushotham, YM Qi, SM Sieburth, «Эффективный асимметричный синтез предшественников силандиола из 1,5-дигидросилолов».
Organic Letters. 2007 , 9 , 4963-4965. Ссылка
П.Л. Чен, П.Дж. Кэрролл, С.М. Зибурт, «Внутримолекулярная реакционная способность транс [4 + 4] фотодимеров 2-пиридонов».
Синтез-Штутгарт. 2007 , 15 , 2351-2359. Ссылка
П.Л. Чен, Ю.П. Чен, П.Дж. Кэрролл, С.М. Зибурт, «Новые пути реакции для 2-пиридона [4 + 4] фотоаддуктов.»
Organic Letters. 2006 , 8 , 3367-3370. Ссылка
CA Chen, SM Sieburth, «Ингибиторы силандиоловой протеазы: от концепции до подтверждения».
Европейский журнал органической химии. 2006 , 2 , 311-322. Ссылка
Дж. Ким, С.М. Зибурт, «Стабильность альфа-триалкилсилиловой аминокислоты».
Organic Letters. 2005 , 7 , 665-668. Ссылка
Ю. Х. Лим, Т. Д. Ли, П. Л. Чен, П. Шрайбер, Л. Кузнецова, П. Дж. Кэрролл, Дж. У. Лаухер, С. М. Зибурт, “Асимметрия путем электрофильной перегруппировки симметричных фотодимеров 2-пиридона.»
Organic Letters. 2005 , 7 , 5413-5415. Ссылка
Дж. Ким, Г. Хьюитт, П. Дж. Кэрролл, С. М. Зибурт, «Силандиоловые ингибиторы ангиотензин-превращающего фермента. синтез и оценка четырех диастереомеров аналогов дипептида Phe Si Ala ».
Журнал органической химии. 2005 , 70 , 5781-5789. Ссылка
DH Juers, J Kim, BW Matthews, SM Sieburth, «Структурный анализ силандиолов в качестве аналоговых ингибиторов переходного состояния эталонного термолизина металлопротеиназы.»
Биохимия. 2005 , 44 , 16524-16528. Ссылка
Дж. Ким, С.М. Зибурт, «Силандиоловый ингибитор металлопротеиназы термолизина: синтез и сравнение с ингибитором фосфиновой кислоты».
Журнал органической химии. 2004 , 69 , 3008-3014. Ссылка
Дж. Ким, С.М. Зибурт, «Силандиоловые пептидомиметики. Оценка четырех диастереомерных ингибиторов АПФ ».
Письма по биоорганической и медицинской химии. 2004 , 14 , 2853-2856. Ссылка
С.М. Зиберт, Х.К. О’Хара, Дж.Й. Сюй, Ю.П. Чен, Г.Д. Лю, «Асимметричный синтез альфа-аминоаллил, бензил и пропаргилсиланов путем металлирования и перегруппировки».
Organic Letters. 2003 , 5 , 1859-1861. Ссылка
Г.Д. Лю, С.М. Зибурт, «Энантиоселективный синтез альфа-силил-аминокислот путем перегруппировки обратного аза-ручья».
Organic Letters. 2003 , 5 , 4677-4679.Ссылка
M Zhu, ZL Qiu, GP Hiel, SM Sieburth, «Фотоциклоприсоединение пиридонов с четырьмя углеродными связями. Внутримолекулярное водородное связывание и облегчение гидролиза амида проксимальным вторичным спиртом ».
Журнал органической химии. 2002 , 67 , 3487-3493. Ссылка
MW Mutahi, T. Nittoli, LX Guo, SM Sieburth, «Ингибиторы металлопротеаз на основе кремния: Синтез и оценка силанола и аналогов силандиоловых пептидов как ингибиторов ангиотензин-превращающего фермента.
Журнал Американского химического общества. 2002 , 124 , 7363-7375. Ссылка
YH Lim, KF McGee, SM Sieburth, «Исследования метанолиза бицикло 3.1.0 гексана. Раскрытие цикла активированных циклопропанов в кислых и основных условиях ».
Журнал органической химии. 2002 , 67 , 6535-6538. Ссылка
Дж. Ким, А. Глекас, С. М. Зибурт, «Ингибитор термолизина на основе силандиола».
Письма по биоорганической и медицинской химии. 2002 , 12 , 3625-3627. Ссылка
Ю.П. Чен, С.М. Зибурт, «Новый синтез бета-кетоамида».
Синтез. 2002 , 15 , 2191-2194. Ссылка
С. М. Зибурт, К. Г. Мадсен-Дугган, Ф. Н. Чжан, «Диастереоселективность при 2-пиридоновом фото- 4 + 4 циклоприсоединении. Защитная группа трибензилсилила ».
Буквы тетраэдра. 2001 , 42 , 5155-5157. Ссылка
KF McGee, TH Al-Tel, SM Sieburth, «Синтез фузикокцина путем внутримолекулярного 4 + 4 фотоциклоприсоединения 2-пиридонов: стереоконтроль циклоприсоединения и выработка пентациклического продукта.«
Синтез. 2001 , 8 , 1185-1196. Ссылка
A. Glekas, SM Sieburth, «Исследования в области синтеза силанола: внутренние нуклеофилы и стерические препятствия».
Буквы тетраэдра. 2001 , 42 , 3799-3801. Ссылка
Ю. П. Чен, Т. Д. Ли, С. М. Зибурт, «Аннелирование пиридона путем сочетания 4 + 2 диенолятов с нитрилами и нитрильными эквивалентами. Решение проблемы с ацетонитрилом ».
Журнал органической химии. 2001 , 66 , 6826-6828.Ссылка
К.А. Чен, С.М. Сибурт, А. Глекас, Г. В. Хьюитт, Г. Л. Трейнор, С. Эриксон-Виитанен, С. С. Гарбер, Б. Кордова, С. Джеффри, Р. М. Клабе, «Дизайн лекарств с новым аналогом переходного состояния гидратированного карбонила: на основе кремния. ингибиторы протеазы ВИЧ ».
Химия и биология. 2001 , 8 , 1161-1166. Ссылка
Т.А. Адер, К.А. Чампей, Л.В. Кузнецова, Т. Ли, Ю.Х. Лим, Д. Рукандо, С.М. Зибурт, «Полихинаны путем 4 + 4-циклоприсоединения-трансаннулярной циклизации». Органические письма
. 2001 , 3 , 2165-2167. Ссылка
С. М. Зиберт, К. Ф. Макги, Ф. Н. Чжан, Ю. П. Чен, «Фотореактивность 2-пиридонов с фураном, бензолом и нафталином. Меж- и внутримолекулярные фотоциклоприсоединения ».
Журнал органической химии. 2000 , 65 , 1972-1977. Ссылка
YG Lee, KF McGee, JH Chen, D Rucando, SM Sieburth, «Подход 4 + 4 2-пиридона к таксолу. 3. Стереоконтроль во время выработки циклооктана ».
Журнал органической химии. 2000 , 65 , 6676-6681. Ссылка
GW Hewitt, JJ Somers, SM Sieburth, «Синтез альфа-алкил-альфа-аминосиланов путем катализируемого родием гидросилилирования Boc-защищенных виниламинов»
Tetrahedron Letters. 2000 , 41 , 10175-10179. Ссылка
.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *